DESeq2分析差异表达基因 利用DESeq2或者edgeR等计算差异表达,需要得到原始counts值矩阵来作为输入,此时需要利用StringTie自带的脚本prepDE.py来计算counts值,它可以同时对多个样本做。会生成两个csv文件: gene_count_matrix.csv transcript_count_matrix.csv 其中一个是gene水平的Counts数据,一个是转录本水平的。除非有...
rnaseq_code 2023-08-19 linux软件安装 #conda 安装wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#建立rnaseq环境conda create -n rnaseqaaaaa#-n 取名#建立其他环境(python=3.11/2.7/xxx)有时候软件会有python/R等版本需求,建立环境独立...
RNA-seq的测序数据要向NCBI提交,这里简单总结一下。原始的测序数据(reads) 数据要提交到SRA. RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库,TSA全称TranscriptomeShotgun Assembly Sequence Database,TSAisan archive of computationally assembled sequences from primarydata such as ESTs, traces and NextGeneration Sequencing Techn...
DEseq2也不行 image.png 总的来说,Code Interpreter对于一些个性化数据能做有限的分析,优势是: 1. 简单,NLP2code 2. 美观,对于图片的布局,标题的描述,文字字体和排版都比较合适,中规中矩 3. 可调整性强,对于一些不完美的地方,能随时沟通调整,享受当甲方的感觉 劣势也很明显: 1. 有限的知识库,无法执行一些...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用 omicverse包来完成这个任务。对于差异表达分析而言,首先,我们可> 以先将 gene_id 改为 gene_name。其次,当我们的数据集存在批量效应时,我们可以使用 DEseq2的 SizeFactor 对其进行归一化,从统计学上,使用 wilcoxon的秩和检验或者 t-test来计算> ...
# 显示StringTie组装的转录本与注释文件内的转录本的差别(会给每个转录本加入一个class code,我理解为一个标识,释义如下图) output dile 2: gffcmp.stats # 根据注释文件显示组装结果的准确性和阳性预测率 class codes 由于在实验中,我们会处理多个RNA-seq数据,单个样本里面的基因和iosforms与其它样本的数据很少相...
RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点...
python >>>importHTSeq 7)R BioLinux自带了,升级一下到3.4.1 sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter sudo apt-getupdate sudo apt-getinstall r-baser-base-dev 8)rstudio conda install rstudio rstudio 2、读文章拿到测序数据 直接拿jimmy的脚本修改得来的。仔细分析项目数据后,得到要下载的数据是SR...
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。
python >>>importHTSeq 7)R BioLinux自带了,升级一下到3.4.1 sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter sudo apt-getupdate sudo apt-getinstall r-baser-base-dev 8)rstudio conda install rstudio rstudio 2、读文章拿到测序数据 直接拿jimmy的脚本修改得来的。仔细分析项目数据后,得到要下载的数据是SR...