RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
目的:对人前列腺癌及癌旁组织基因转录组进行检测分析。了解人前列腺癌的种族特异性及其可能的分子生物学机制。 结果:人前列腺癌的融合基因具有种群特异性,在欧美人群中普遍高频表达(50-80%)的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右,而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15...
RNA-Seq的目的主要还是集中在基因表达方面,以及寻找差异表达基因和融合基因上。对于变异检测,这类数据中也肯定可以发现,但假阴一定是很高的,比如低表达的基因,甚至是在这个组织(或者样本)中不表达的基因,你就无法有效检出它基因组上的变异了。另外,由于目前的二代测序系统并不能对RNA中的U碱基进行识别,因此,RNA测序...
什么是转录组测序 转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的RNA情况。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础...
RNAseq定量分析方案 RNAseq定量分析方案 1 一、实验目的： 2 二、实验大致流程 2 三、实验前的准备活动 2 3.1准备数据 2 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 3 四、实验过程 4 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。 5 4.2.利用...
RNA测序也就是所谓的RNA-seq，通常指的是转录组测序，只测细胞中的转录本。只有基因组中被转录出来的那部分能测到。通常用于寻找差异表达基因以及发现新基因。而基因组测序是整个基因组都测，不管转录不转录，通常用于基因组组装，重测序进行基因分型等。这是根本不同的两个东西，一个是测转录组，一个...
单细胞的RNA-seq我从来没有接触过,所以要从头开始学习。但是用王院长的话就是:“不是和普通的RNA-seq差不多嘛!”。。。当然了,对于他那种专家级别的当然什么样的分析都是差不多的,但是对于我一个白的不能再白的小白来说,这是一块还比较复杂比较难啃的骨头。在网上搜了几篇文献,放在这篇文章里供需要的同学...
第二代测序技术称为高通量测序(High-ThroughputSequencing),又名下一代测序(Next Generation Sequencing NGS)。顾名思义,它们解决了第一代测序中的低通量的缺陷,同时大大降低测序成本,目前使用最广的是illumina公司的Solexa,Hiseq技术,其核心技术大致相同,介绍如下-- ...
做转录组RNA-seq的一个重要目的就是找到差异基因,而DEseq2就是一个用于差异分析的R包 官网使用说明:http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html 一、软件原理 1.RNA-Seq中的统计检验问题 代码语言:javascript ...