转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。对于已知参考基因组的物种,所获得大部分序列是已知的,同时会有一些新的转录本会被检测到,几乎可以忽略;甚至处于不同状态的人,其转录组数据有所不同。因...
RNA-seq技术 先说一下RNA-seq。我们知道,蛋白其实是直接去影响生物性状的,蛋白质是功能调控的直接单位,所以了解各种蛋白质在生物细胞内的状态是很重要的,比如在肿瘤细胞中中哪种蛋白高表达了呢,种种情况。但是直接测蛋白质,很难,蛋白质有多级结构,直接进行测序和预测,目前还不能拿到一个高通量的标准。 那既然如...
Introduction to RNA-Seq for Researchers- YouTube - 整个过程讲得比较全面 Get more from your core: RNA-Seq techniques in action | Illumina Video- 13分 PCR-free的测序文库制备 智造微课】PCR-Free到底有啥“佛瑞”? Exploring the unmapped DNA and RNA reads in a songbird genome From trash to trea...
conda简介 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的...
RNA-seq的分析流程 这一次我们首先了解RNA-seq的分析流程 总的来说,各种有参组学分析要点大同小异,利用主流分析软件结合数据库来解释分析结果。一份报告可以出近百张花花绿绿的figures,我们先看看大致内容。 标配内容:(不可能没有的) 测序数据的一些统计及过滤 ...
Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary breast cancer ...
RNA-seq数据标准化其实要分为两种，样本间标准化和样本内标准化。对于差异表达分析而言，样本内对不同转录本长度进行标准化 毫无必要 ，是的，真的是没啥意义，粗略比较同一个基因在两个样本间是否有差异，只要处理好测序深度这个问题就行，任何要求用RPKM/FPKM而不是raw count作为差异表达分析的原始...
转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。对于已知参考基因组的物种,所获得大部分序列是已知的,同时会有一些新的转录本会被检测到,几乎可以忽略;甚至处于不同状态的人,其转录组数据有所不同。
RNA-seq数据,转换成ATAC-seq,挖出关键调控因子,详见《任意两组RNA-seq变身,国自然得AAA》; RNA-seq数据,找enhancer expression,挖明星分子的远距离调控机制,详见本文。 “enhancer expression”是啥? 2010年的Nature,Kim等人发现:基因转录时,不仅promoter附近转录出mRNA,enhancer区域也转录出RNA,也就是enhancer RNA(eR...