目前最为流行的 RNA-Seq 数据比对软件是 HISAT2 和 STAR,它们可以说是大浪淘沙后的优胜者。特别值得一提的是,STAR 的升级版 STARsolo 在单细胞测序数据的比对和质控方面得到了越来越广泛的应用,感兴趣的小伙伴可以参考论文:STARsolo: accurate, fast and versatile mapping/quantification of single-cell and singl...
5′-untranslated region (UTR) exons, 3′-UTR exons, introns and intergenic regions based on the gene model provided. This module roughly reflects the uniformity of coverage; for example, reads are generally over-represented in 3′-UTR for the polyA + RNA-seq protocol. One can also apply th...
在RNA-seq数据分析中,第一步就是评价所获得的数据能不能用,这一步就叫做质量控制(Quality Control, QC)。 本文主要介绍最常见的质控工具FastQC以及其输出结果的解读。软件安装推荐用conda,在Linux里命令如下 conda install fastqc FastQC使用 fastqc --help# 查看帮助文档# 基本用法fastqc[-o output dir][--(no)...
手里有三个RNA-seq的双端测序数据:100cell_PBMC、1cell_PBMC以及对照组的scRNA_PBMC,均无重复。找出前两个实验组分别相对于对照组的差异表达基因。 流程大致为:对测序数据进行质控(linux环境,以下亦是)——将质控好的测序数据比对到基因组上——使用featurecount对比对结果进行counts计数——使用edgeR对counts结果进...
RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令:
RNAseqQC:一个用于RNA-seq数据质控评估的R包 RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令:...
RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令:
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件。它能够精确地将测序 reads 比对到基因组上，并考虑了剪接事件，提高了对剪接变异的检测灵敏度。TopHat 与 Cufflinks 配合使用，曾是转录组数据分析的标准流程，对转录组学的发展做出了重要贡献。然而，随着新工具的出现，TopHat 已经不再推荐使用。TopHat 的...
RNA-seq分析流程之数据质控多组学之家 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 646 0 13:53 App GEO课程-6.GEO多数据合并 845 0 17:46 App R语言-相关性热图及Mantel分析 569 0 19:20 App GEO课程-2.GEO数据处理(基础) 20.4万 114 00:57 App 当师弟抱怨他女朋友非让他戴套时…… 3.0万...
数据质控,过滤低质量reads,去接头 比对 首先下载参考基因组及注释文件,建立索引 比对 sam文件转bam 为bam文件建立索引 reads的比对情况统计 计数counts 差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 可以安装 conda,在后续其他软件安装时非常好用。可自行百度进行安装 ...