对原始测序文件fastq的表达定量得到绝对定量,可以绘制PCA(主成分分析)图。通过RNA-seq差异分析,得到相对表达量(CPM)可以绘制热图,pvalue和foldchange可以绘制火山图。 参考: 1)https://www.jianshu.com/p/8aa995149744 2)https://www.cnblogs.com/leezx/p/7132099.html ...
一、RNA-seq原理 RNA-seq的原理基于测序技术,通过将RNA样本转录成cDNA,然后进行高通量测序,最后利用计算方法分析测序结果。具体步骤如下: 1. RNA提取:从细胞或组织中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。 2. RNA片段化:将提取的RNA进行片段化处理,通常采用酶或碱性水解等方法。 3. cDNA合成:利用反转录酶...
也就是说,测rRNA,它得到的数据,并不能为我们实验者提供什么有用的信息,而mRNA才是RNA当中信息含量最丰富的那个部分。 我们一般的RNA-seq要测的,也是mRNA的各种变化,所以在实验过程当中,我们一般要把核糖体RNA先去掉。然后再进行建库测序。 去除核糖体RNA,并进行建库的方法,有许多种。我们主要介绍一下应用最广泛的...
一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生物体在特定条件或状态下转录的所有RNA集合。RNA-Seq利用新一代测序技术，通过测序细胞或组织中的所有RNA，分析其种类和丰度，从而获得基因表达的全景图。转录组测序的主要步骤包括：RNA提取、构建文库、测序和数据分析。二、转录组测序的主要步骤 RNA提取：从...
RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失...
在双末端RNA-seq实验中，有左右两个对应的read来自相同的DNA片段。在进行双末端read进行比对时，来自同一...
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
3、使用DESeq2识别差异基因 Count_condition <- factor(c(rep("LS", 3), rep("LCK", 3), rep...