1.进入NCBI官网National Center for Biotechnology Information (nih.gov),登录账号 2.在下方选项中点击“submit”,下拉至“other tool-GEO”,点击“learn more” 3.选择“Submit high-throughput sequencing" 4.完成下图3项数据准备工作: 上传所需文件 ①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传...
做单细胞转录组测序的原始数据,一般都是上传到NCBI的GEO数据库的。 GEO数据库长这个样子: 拉到下面可以看到sample和project,是存放原始数据(fastq测序文件)所在。 但原始测序数据一般比较大,特别是scRNAseq,一个样本的双端测序数据文件压缩后至少50G起。另外就是拿到原始测序数据,需要跑cellranger比对, 一方面不是所有...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 生信入门第九课:PCA、相关性、热图和火山图及代码详解 生信入门第十课:Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详 生信入门第十一课:基因集富集分析原理和R代码 生信入门第十二课Cytoscape绘PPI网络图并用cytohubb...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 本节概览:1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux... 嘿嘿嘿嘿哈阅读 18,427评论 0赞 58 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts... 本节概览:hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件,hi...
生信入门第二课:生信分析环境搭建-conda及常用软件安装 生信入门第五课:Illumina边合成边测序原理生信入门第十一课:基因集富集分析( Gene Set Enrichment Analysis,G…
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample ...
整理好文件之后准备开始上传。数据上传前需要安装软件Filezilla(可百度可谷歌,so easy)。 需要注意的是,注册GEO之后在上传页面的Uploading your submission 会提供FTP的地址、账号、密码等信息,需要保存备用,例如: 在Filezilla输入刚才获得的地址、帐号、密码就可以登录ftp,登录后界面如下: ...
RNA-seq原始数据上传GEO数据库 需要软件:7Z压缩软件和FileZilla数据上传软件,下载地址如下 链接:http://pan.baidu.com/s/1kUPlv9P密码:xaqv 1.首先要注册一个NCBI账号,网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/?back_url=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2F 2.然后进入GEO主页,网址:https://www...
将RNA-seq数据提交至NCBI GEO的过程其实相当直接。首先，你需要创建一个元数据文件，这个文件包含了实验的所有相关信息。接着，确保你已经准备好原始的测序文件，即fastq格式的文件（*.fq或*.fastq）。这些文件是必须的，因为它们包含了原始数据。在准备好原始数据之后，需要对每个fastq文件进行处理。这包括...