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这步会产生一个html文件,这就是fastqc的结果,我们可以双击在网页中打开进行查看。(详见下面介绍的fastqc报告解读) 2.png fastp 用于数据过滤 3.png fastp -i $R1 -I $R2 -o ../02clean/SRR15859344_1.clean.fastq.gz -O ../02clean/SRR15859344_2.clean.fastq.gz & 经过质控后的fastq文件就可以进行后...
测序方法分为非链特异性测序(Strand specific seqiencing)方法和链特异性测序方法两种(nonspecific sequenci...
1.1 结果文件解读 1.2 序列比对 1.3 结果文件解读 1.4 格式转换并排序 (二)StringTie 转录本组装 2.1 输入文件 2.2 命令行格式及命令选项 2.3 结果文件解读 2.4 合并得到非冗余转录本(可选) (三)准备差异表达分析文件 (四)DESeq2 分析差异表达基因 RNA- seq 的数据处理主要分为以下几个过程: 1. 测序数据质控...
代码语言:javascript 复制 conda install-c bioconda multiqc multiqc./*zip -o ./ 3.2、查看html报告 可以看到基本所有的数据都有明显的GC双峰。此外,虽然对于RNA-seq来说,重复序列不可避免,但是高达80%的重复片段肯定也是有问题的,需要我们进一步对数据进行校正。
可能细心的小伙伴们发现了,我们的RNA-seq在线报告针对以上的问题,又进行了新的一轮升级! 将功能富集分析部分独立成单独的版块,对富集分析的功能增加了各种类型的统计图、实现了更丰富的交互式图表分析,为用户带来更完美的产品体验,生成的图表可以直接用于文章,助力客户的数据个性化分析与文章发表!下面就来看看本次的升...
85.22% overall alignment rate #结果是唯一比对+不唯一比对+不能比对中可以单端比对的 要看到,所谓唯一比对,可以直接从这个报告中计算。 referrence: https://www.cnblogs.com/leezx/p/8540862.html https://blog.csdn.net/weixin_30935137/article/details/86530092...
抗冻性不仅决定着植物的地理分布,而且影响着作物、蔬菜和水果的产量,已成为温带和北温带地区人们关注的焦点。植物通过一个称为“低温驯化”的过程来增加它们的抗冻性,而通过“脱驯化”失去抗冻性。低温驯化是一个多基因调控的过程,伴随着植物的生理调节。多年生木本植物的低温驯化通常包括两个阶段,分别由短光周期和低温...