总体来说,基因的本身特征如基因长度,GC含量等,RNA-seq的建库方式以及基因表达量算法均会影响基因的表达量计算,使计算出的表达量与实际有所出入,从而与qPCR的定量结果之间存在差异。如若二者结果出现相反,也在情理之中。这也是任何一个技术获得结果之后需要多方验证的原因之一。 参考文献 [1] Bias detection and corre...
近期Oxford Nanopore展示他们的纳米孔测序技术能直接测序RNA,也就是说,建库过程中没有修复、cDNA合成、PCR扩增这些过程,移除了这些操作过程的偏好并且保留了RNA上的表观修饰信息,这一技术也称为dRNA-seq。直接从RNA建库需要两步接头连接。首先,带有oligo(dT)悬臂的duplex adaptor与mRNA的PolyA尾巴退火连接。后续是一个...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
第一章 RNA-seq入门 立源发表于关于RNA... RNA-seq理论基础 RNA-seq通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究,从而避免了许多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR就需要背景知识。而且RNA-seq还可以触及以前无法研究的领域,比… oriRNA RNA-seq analysis route | 最全面RNA-seq分析学习路径...
🔧 RNA-Seq的步骤 构建序列文库:将RNA打断成小片段,并反转录成DNA,然后加上接头,进行PCR扩增。 比对到参考基因组:将测序得到的reads比对到参考基因组上,找出它们在基因组上的位置。 回帖:根据比对结果,将reads回帖到基因组上,得到它们的原始位置和表达量。
RNA测序(RNA-seq)逐渐应用于多个层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构组和分析差异基因(differential gene expression,DGE)等。主要的RNA-Seq方法有:转录组测序、小RNA/非编码RNA测序等。 图2 中心法则中RNA分类示意图[2] 转录组测序 转录组:即某个物种...
如第二期文章中所说,PCR是有偏好性的,因此可以利用UMI进行纠正。需要注意的是,由于泊松分布理论,只有20-30%转录本可以被转录,但是这些数据均是可用的。除了实验上的改进,单细胞测序的分析方法也在快速发展。Ziegenhain等人曾报道过详细的scRNA-seq的比较,指出UMI是六种分析...
第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（SingleMolecular Real-Time Sequencing，SMRT），仍需要RT-PCR构建cDNA文库，代表是Pracific Bioscience测序仪；2）直接测序技术（DirectRNA-seq），代表是OxfordNanopore测序仪。1. SMRT：PracificBiosciences SMRT技术无需打碎样品，通过在模板两端接上Adapter构建成环形DNA分子...
RNA测序技术(RNA-seq) 是转录组学中广泛使用的 NGS 应用。它涉及 mRNA 分子的测序和定量,提供生物样本中表达基因的全面快照。通过生成数百万个短测序读数,NGS 使研究人员能够准确识别和量化基因表达水平。 在进行mRNA建库的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除核糖体RNA也就是去除“rRNA”(Ribosomal RNA)。在通常...