这项研究从GBM患者的肿瘤及对应的癌旁组织中分离出线粒体,并进行基于DIA-MS的蛋白质组学分析,将这些数据与在公开数据库挖掘到的RNA-Seq数据进一步比较,在蛋白质和RNA水平上分析线粒体功能障碍,为GBM的研究提供有效资源。 蛋白质组学检测样本 6名GBM患者的肿瘤(GBM组)及对应的癌旁组织(对照组),共12个样本用于D...
采用单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法鉴定hfd诱导的小鼠葡萄糖耐受不良模型中的α、β和δ细胞亚群标记物。采用流式细胞仪和免疫染色对各亚群的比例进行分类和评估。对分选细胞进行单细胞蛋白质组学分析,通过蛋白表达深入阐明各α、β、δ细胞亚群在葡萄糖耐受不良中的功能状态。 研究结果 1. 小鼠胰岛单细胞RNA测序 本...
最后,RNA-seq可以与不同类型的生化分析方法相结合,分析RNA生物学的许多其他方面,如RNA-蛋白结合、RNA结构或RNA-RNA相互作用。然而,由于本文的重点是“典型”的RNA-seq,因此这些应用超出了本文的范围。 每一个RNA-seq实验场景都可能有不同的最佳转录本量化、标准化以及最终差异表达分析方法。此外,在不同阶段应用质量...
先以临床肠胃功能疾病研究为背景,简单举个栗子:先通过RNA-seq联合微生物多样性检测,挖掘细菌的功能DNA并评估遗传潜力,在转录组层面探究肠道微生物和宿主的基因表达互作模式;随后配合后续的蛋白组实验检测酶活力,探究消化环节的催化反应机制;再借助代谢组手段探究生物合成途径和最终的代谢产物,用以分析消化吸收功能。以上通...
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
1. 什么是RNA-seq？细胞是房子，DNA是房屋设计图，RNA和蛋白质就是砖瓦木石。以DNA为模板，转录成RNA...
随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译()和RNA结构组(结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学()也在积极研究中。通过结合新兴的三代长读长和技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面...
在医学研究中,我们近年更关注的是RNA-seq,各种RNA-seq:测整体的bulk RNA-seq,测单细胞的RNA-seq,还有近期兴起的空间转录组(Spacial gene expression)……国自然中,非编码RNA的研究也受到了很大的关注。这些似乎都在告诉我们:得了RNA,就得天下! 在医学研究中,我们近年更关注的是 RNA-seq,各种 RNA-seq:测整体...