RNA-seq报告解读, 视频播放量 1621、弹幕量 1、点赞数 55、投硬币枚数 17、收藏人数 239、转发人数 20, 视频作者 吉凯基因, 作者简介 吉凯基因B站唯一官方号,您的科研小助手,相关视频:全基因组测序WGS报告解读,WGBS分析demo报告解读,KEGG通路注释与富集分析,circRNA-s
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复制 (rna)csw@taikang-bio:~/projects/rna-seq/1.sra$ trim_galore--helpUSAGE:trim_galore[options]<filename(s)>-h/--help Printthishelp message and exits.-v/--version Print the version information and exits.-q/--quality<INT>Trim low-quality ends from readsinaddition to adapter removal.Defa...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 2. multiqc质量报告 multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个报告文件中,...
~/ZYP/RNAseq/result/test/featureCounts_InOutput/*.sortedByCoord.out.bam #输入文件 #输入文件应使用STAR比对后基于位置排序的文件,即.sortedByCoord.out.bam 参考代码如下图: 2.5 差异表达分析: 2.5.1 DESeq2差异分析: 在R中调用安装好的DESeq2进行差异分析需要两个准备文件: ...
可能细心的小伙伴们发现了,我们的RNA-seq在线报告针对以上的问题,又进行了新的一轮升级! 将功能富集分析部分独立成单独的版块,对富集分析的功能增加了各种类型的统计图、实现了更丰富的交互式图表分析,为用户带来更完美的产品体验,生成的图表可以直接用于文章,助力客户的数据个性化分析与文章发表!下面就来看看本次的升...
使用命令fastqc -o <seqfile1,seqfile2..>来进行质量报告。每个fastqc文件会获得一个质量分析报告,来描述此次RNA-seq的测序质量。 获取质量报告如图: 在这里插入图片描述 Basic Statistics 从read水平来总览,判断测序质量。 Encoding:测序平台的版本,因为不同版本的 error p的计算方法不一样。 Total sequence...
基迪奥Omicsmart RNA-seq在线报告,可实现RNA-seq项目数据的动态挖掘,包括差异分析、基因集分析、功能富集分析、趋势分析等。 无需生物信息学基础,用户可以自主选择参数,一键生成分析结果,从而实现个性化分析项目数据。自今年4月份上线以来,已经为50多个项目带来便捷个性化分析服务。
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告,就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前,对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK,除了速度慢以外,没有其他明显缺点(可以通过部署Spark提高速度;当然,如果有钱,可以购买Sentieon,快了15-20倍)。 和WES不同,RNA-seq对于外显子区域的覆盖度极度不均一,并且由于其数...
RNA-Seq就是其中之一,这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解,达到了前所未有的深度和广度。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量,而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含着大量的宝贵信息,但这样的数据需要复杂的生物信息学分析,才能从中提取到有意义的结果。 正因如此,数据分析可以说是RNA-seq的重中之重。