测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相关联的GO term一起展示,颜色越深代表富集程度...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相关联的GO term一起展示,颜色越深代表富集程度...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相...
RNA-seq即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等的表达水平。 在这里,我们回顾跨物种转录组学,重点关注细菌病原体或共生体与哺乳动物(主要是人类)宿主细胞的相互作用。 我们首先总结细菌和哺乳动物转录组学和转录组学之间的相似性和差异,然后概述当前的跨物种方法。
2、肿瘤浸润NK细胞的高通量scRNA-seq发现在Hif1a - / -小鼠中发现一个独特的NK效应亚群 本文中高通量scRNA-Seq共分析了5721个NK细胞,3075个来自WT小鼠,2646个来自HIF-1α缺失小鼠,并分别从野生型和HIF-1α缺失NK细胞中鉴定到1763和1563...
2、肿瘤浸润NK细胞的高通量scRNA-seq发现在Hif1a - / -小鼠中发现一个独特的NK效应亚群 本文中高通量scRNA-Seq共分析了5721个NK细胞,3075个来自WT小鼠,2646个来自HIF-1α缺失小鼠,并分别从野生型和HIF-1α缺失NK细胞中鉴定到1763和1563个转录本。对所有细胞进行无差别聚类,共聚成6类,而野生型和HIF-1α缺失NK...
转录组分析RNASeq转录组分析RNASeq转录组分析RNASeqRNASeq 的技术背景RNASeq 的应用领域RNASeq 面临的挑战及发展前景观察胸廓上下径的变化和肺的变化。 问题:当膈运动时,胸廓的上下径和肺有什么变化 通过演示,引
在转录组的基因差异表达分析中,一般的筛选标准是基因表达差异倍数大于2、并且FDR≤0.05为显著差异的基因。当然这个标准也可以根据实际数据调整,如差异倍数下调为1.5、FDR≤0.01等。 在这里我们使用R中DESeq2包来进行差异表达分析,用到的输入文件为上一篇生成的表达矩阵(gene_count.csv)文件。差异表达分析可以使用Linux...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。