9、read比对后定量:用featureCounts对基因进行定量; featureCounts-T4-a/public/home/zyhu/Mouse/annotation/Mus_musculus.GRCm39.103.gtf-o/public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/06.featureCounts/meta-featureCounts/featureCounts.txt-p-B-C-t exon-g gene_id*.bam cut -f 1,...
RNA-Seq测序,又称RNA sequence测序,即转录组测序,简称RNA测序,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 什么是转录组? 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生...
例如,用scRNA-Seq分析非小细胞肺癌肿瘤样本(非小细胞肺癌17)在耗竭前后的情况后发现耗竭后上皮细胞从26%增加到82%,并且没有免疫细胞被检测到。同样,在卵巢腹水样本(HTAPP-727)中,恢复了32%的上皮细胞(图9)。 图9:在非小细胞肺癌和卵巢癌腹水样本中CD45细胞去除后免疫细胞被富集 1.4 scRNA-Seq解离工具箱应用...
StarScope 是达普生物自主开发的，其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline， 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案，可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出，并生成一个完整的 HTML 格式数据报告，表达结果还可接入多种下游分析。▉ 软件功能：3‘-RNA-seq pipeline • 通过 cutadapt 对原始 ...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: 3‘-RNA-seq pipeline • 通过 cutadapt 对原始 reads ...
传统的还是先转cDNA，原因么应该是rna比较脆弱啦。。。cDNA比较稳定。不过弊端还是很多的比方一个很突出的就是3’端bias。。所以现在有了next generation 的rna seq。原理是一样的不过就是直接测RNA了。third generation里边就开始测single molecule了，像前两天ibm说的那样哈哈。。。
#Rlibrary(LncFinder)library(seqinr)mRNA<-seqinr::read.fasta(file="example_data/training_mRNA.fasta")lncRNA<-seqinr::read.fasta(file="example_data/training_lncRNA.fasta")frequencies<-make_frequencies(cds.seq=mRNA,lncRNA.seq=lncRNA,SS.features=FALSE,cds.format="DNA",lnc.format="DNA",check.cd...
分离高质量RNA对于下游实验至关重要,如克隆、反转录用于合成cDNA、RT-PCR、RT-qPCR和RNA-seq等。RNA纯化的方法多种多样,包括离心柱纯化和磁珠法。科研实验室多选取硅胶柱离心法来提取纯化样本RNA,再对提取后的RNA纯度、产量、完整性进行验证。 相信大家在提取RNA时,都遇到过因未注意操作规范而导致RNA出现浓度低、纯...
先将RNA进行标记（如生物素标记），再与细胞裂解液共同孵育，从而形成RNA-RNA/蛋白质复合物，进而检测与之结合的RNA或蛋白质。复合物洗脱后，通过荧光定量PCR(RNA pull down-QPCR)或高通量测序(RNA pull down-seq)方法来鉴定目标RNN是否与某些RNA分子相互作用，通过Western blot(pull down-WB)实验和质谱(pull down...
绝对定量转录组测序(DigitalRNA-seq) 1绝对定量转录组测序(DigitalRNA-seq)转录组为特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA,主要包括mRNA,..