fastp的运行模式分为单端测序和双端测序(当然目前主流都是双端),支持压缩文件(file.fq.gz)及fastq输入: 进入工作目录: cd ~/RNASeq-analysis/data/ fastp (single -end, SE) fastp -I SRR***.fastq -O SRR***_clean.fastq fastp (paired -end, PE) fastp -i Sample1-1_R1.fq.gz -o Sample1-1...
生成的_val_fastq.gz文件是原始文件去完接头后得到的文件。通过网页打开质控文件,看看是否去接头成功。 step3:比对到参考基因组上。hisat2 1、下载参考基因组和注释文件 基因组注释文件 参考基因组 基因注释文件具体内容 2、建立索引 hisat2-build /public/home/st11/sequence/ReferenceData/hg38/hg38.fa genome...
目的:将fastq文件的所有read短序列比对到参考基因组上,即read本来属于哪条基因上的。 涉及软件:hisat2(还有同类型软件bowtie2等)、samtools 2.1、构建索引 构建索引的原因是因为参考基因组文件太太太大了,把一个几百bp的read比对到基因组上,难度可想而知。而索引文件就类似图书的目录,按图索骥就方便很多。 hisa...
从测序仪获得的原始读数存储为FASTQ文件。FASTQ文件格式是下一代测序技术生成的序列读取的文件格式。 每个FASTQ文件都是一个文本文件,表示样本的序列读数。每个读取由 4 行表示,如下所示: 代码语言:javascript 复制 @HWI-ST330:304:H045HADXX:1:1101:1111:61397CACTTGTAAGGGCAGGCCCCCTTCACCCTCCCGCTCCTGGGGGANNNNNN...
SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS这几个步骤而已,中间穿插一些质控的手段,每个步骤选择好合适的软件即可。可以参考:一个植物转录组项目的实战 http://www.bio-info-trainee.com/2809.html 这是RNA-Seq 上游分析的大致流程,比对+定量。当然实验目的若只需要定量已知基因,也可以选择free-alignment 的流程工具如kallisto/Sal...
Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关,通常的过滤步骤如下:ILLUMINACLIP: 过滤 reads 中的 Illumina 测序接头和引物序列,并决定是否去除反向互补的 R1/R2 中的 R2, 该引物序列可以在Trimmomatic软件的安装目录下找到,双端通常选择TruSeq3-PE-2。SLIDINGWINDOW:从 reads 的 5’ 端开始,进行滑窗...
1. fastq测序文件 在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,每个文件存放一段测序文件。在illumina的测序的cDNA短链被修饰为以下形式(图源见水印): 两端的序列是保护碱基(terminal sequence)、接头序列(adapter)、索引序列(index)、引物结合位点...
RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、非编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不...
RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE, differential gene expression),而从得到差异基因表达矩阵,该标准工作流程的基本分析步骤一直是没有太大变化: 始于湿实验,提取RNA,富集mRN...
Salmon能够直接从FASTQ文件进行基因或转录本的表达量定量,不需要预先的比对步骤。 差异表达分析(Differential Expression Analysis) DESeq2 edgeR limma 功能富集分析(Functional Enrichment Analysis) clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。