单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量基因表达,并揭示单个细胞或同源细胞类型中基因表达的异质性。 方法 1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental pat...
在开展scRNA-seq分析时,您需要分离整个细胞,这样才能捕获和分析细胞内的RNA。与此不同,snRNA-seq只需分离出细胞核,重点是捕获和分析细胞核内的RNA。 Bio-Techne的现场应用科学家Alberim Kurtishi博士解释说,尽管存在差异,但scRNA-seq和snRNA-seq在测序时覆盖的基因数量不相上下。不过,他也指出,在某些情况下这两种方...
普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平,用来比较不同个体或同一个体的不同组织间的表达差异,但对内部细胞异质性较强的系统,如肿瘤组织,很多异常细胞的基因表达的信息会丢失,但是成本较低,技术成熟、通量高。 单细胞转录组测序是在单个...
单细胞核糖核酸(RNA)测序(scRNA-seq)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。单核RNA测序(snRNA-seq)对于在冷冻或难以分离的组织中进行这种类型的分析是必要的,这些组织不能受到scRNA-seq的影响。组织状态的这种差异导致了每个平台中细胞类型分布的变化。为了确定这些方法的特点及其差异,对结肠...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
物表达之间的相关性;接着对公开可用的单细胞的RNA测序 (scRNAseq) 数据进行了细胞类型特异性 CXCR4 表达分析;最后,在24-72小时内将RCAS-PDGFB(1 × 104 个细胞,在 1-2 μL PBS 中)或 RCAS-PDGFB-CXCR4(1 × 105 个细胞)转染的 DF-1 细胞双侧注射到 Ntv-a 小鼠的额叶中,并检查CXCR4的活性与存活...
在前两期中,我们分别介绍了RNA-seq(短读长测序、长读长测序和长读长RNA直接测序)以及RNA-seq流程(建库、实验设计和分析)方面的知识,本期我们主要介绍RNA-seq技术的延伸和升级,包括单细胞测序、空间转录组、新生RNA分析、翻译相关分析等。 五、RNA-seq的发展(Beyond bulk...
上接:单细胞研究指南:测序方法大比拼 DROP-seq和inDROP 哈佛医学院的研究人员开发了以微滴为基础的两种独立技术Drop-seq和inDrop。他们利用微流体装置将带有条码的微珠和细胞一起装入微小的液滴,建立了快速、廉价、高通量的单细胞RNA-seq方法。这两种技术将细胞隔离在微小的液滴中,装上用于扩增的条码引物,由此检测...
单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细... 目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断,但是对于多样本合并分析,很多情况下会出现... Seurat_Satija阅读 3,049评论 0赞 15 单细胞RNA-seq入门文献学习 单细胞的RNA-seq我从来没有接触过,所以...
单细胞核测序(single nucleus RNA-seq,snRNA-seq)对单个核进行分离测序,这种建库策略用单个细胞核代替单个细胞来表示细胞个体的基因表达水平,稳定性高且信息更加全面,细胞核可以从冰冻或者轻度固定的组织中进行提取,单核技术的这一特征有效的避免了细胞悬液制备这一过程对细胞状态的影响,很好的解决了scRNA-seq仅适用于...