RIP、RNA pull-down和MeRIP等实验技术是我们深入研究RNA和蛋白质相互作用的关键工具。RIP用于选择性地富集与特定RNA相互作用的蛋白质,RNA pull-down通过RNA探针捕获相互作用蛋白质,而MeRIP则用于甲基化RNA的研究。下面就让我们详细了解一下—— RIP RIP,全称为RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RNA 结合蛋白...
(一)RNA-pulldown RNA-pulldown 实验可以在体外样品中通过高亲和性的标签(例如生物素,biotin),选择性地获取蛋白-RNA复合物。RNA探针可以是生物素化标记的,和细胞裂解液或者重组蛋白孵育后,通过strepavidin agarose 或者磁珠进行分离。分离后获得的蛋白可以通过western blot 或者质谱(mass spectrometry)来进行分析。这是...
RIP(RNA Immunoprecipitation)和RNA pull-down等实验技术是我们深入研究RNA和蛋白质相互作用的关键工具。RIP运用目标蛋白的特异性抗体分离纯化与蛋白相互作用的RNA，RNA pull-down通过RNA探针捕获与之相互作用蛋白质。上文我们详细了解了RIP技术，今天带大家了解一下RNA pull-down技术。RNA pull-down RNA pull-down是研究...
答案是肯定的，即RNA免疫共沉淀（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RIP）技术。 在原理上，RIP与ChIP非常相似，可以理解为只是研究对象不同，RIP主要是研究蛋白-RNA间的互作情况。这些RNA可以是mRNA、非编码RNA甚至病毒RNA等。在实验方案和步骤上，RIP也有自身特别需要注意的地方，后面将会一一介绍。RIP实验可...
RNA-pulldown实验使用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot实验或者质谱(mass spectrometry)检测特定的RNA结合...
RNA-pulldown实验使用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot实验或者质谱(mass spectrometry)检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。
Pulldown与免疫共沉淀(Co-IP)实验的比较 Co-IP和Pull-down都是用于检测蛋白相互作用的实验,两者有很多相似之处,如只能检测强相互作用、只能定性分析、不能检测瞬时相互作用等。同时两者在原理及实验操作上也存在一定的区别。免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation...
RIP实验结果可与其他转录组学、蛋白质组学或表观遗传学数据相结合,综合分析RNA与蛋白的相互作用及其在基因表达调控中的作用机制。例如,结合RNA pulldown实验与RIP实验相互佐证;结合ChIP-Seq和ChIRP-Seq数据可以揭示RNA与DNA结合蛋白的共定位情况;结合RNA-Seq数据可以分析RNA结合蛋白对基因表达的影响等。
各种RNA与蛋白质相互作用方法之间最明显的区别是互作的RNA和蛋白质是否进行交联以及如何交联:有些方法避免交联(直接IP),另一些方法则使用甲醛进行交联,而另一些方法则使用紫外线(UV)进行交联。.最简单的方法是RIP-seq( RNAimmunoprecipitation and sequencing ),通常但并非总是使用细胞内未加改造的蛋白的抗体富集,并且...
1、RIP和RNA-EMSA、CLIP、RNA Pull-down,这四种研究RNA-蛋白互作技术的内在区别是什么? RIP———RNA蛋白免疫沉淀技术是一种用于在细胞天然背景下In Vivo体内探测蛋白质-RNA 相互作用的技术。这种方法可以用于检测特定RBP蛋白与RNA的结合水平。 RNA-EMSA———RNA电泳凝胶迁移阻滞实验(Electrophoretic Mobility Shift ...