温度因子(也称温度值,B因子,B值或Debye-Waller因子)是衡量原子位置不确定性的一种方法,体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”(diffusion)。温度因子越高,相应部位的构象就越不稳定。B因子与RMSF的关系是:在Amber中,B因子的单位为Å。 通过比较计算的B因子和晶体结构数据,可以考察...
可以用gmx rmsf命令将RMSF转换为b因子并输入到pdb，详细命令看手册
输入如下命令:gmx rmsf -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot.trr -o rmsf.xvg RMSF计算每个原子相对于其平均位置的涨落, 表征了结构的变化对时间的平均, 给出了蛋白各个区域柔性的表征, 对应于晶体学中的b因子(温度因子). 通常, 我们预期RMSF和温度因子类似, 这可以用于考察模拟结果是否与晶体结构符合。 3、...
原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r http://sobereva.com/32
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