解读rmats结果 RMATS(RNA-Seq-MATS)是一种用于分析RNA测序数据的软件。它可以识别不同AS(另类剪接)事件类型,如Skipped Exon、Alternative 5′Splice Site、Alternative 3′Splice Site、Retained Intron和Mutually Exclusive Exon,并检测它们在不同条件下的显著性。在分析rmats结果时,可以关注以下内容: 1. AS事件的类型...
rMATS中,JC是Junction Counts的缩写,表示跨越剪切位点的reads(暂且叫为JC reads)数量,JCEC是Junction Counts和Exon Counts的缩写合并,Exon Counts表示不跨越剪切位点的reads数量,JCEC可以理解为所有比对上的reads(暂且叫为JCEC reads)。他们的关系见下图: IJC和SJC区分 这里引用一位老哥的帖子https://www.plob.org/...
rmats分析结果包含了许多关键信息,需要进行解读才能深入理解基因的剪接调控机制。 首先,rmats结果中最重要的部分是剪接事件的种类和数量。rmats可以检测出多种不同的剪接事件类型,包括skipping、alt-3'、alt-5'、mutually exclusive exons和retained introns等。通过统计这些剪接事件的数量和比例,我们可以获得一个基因的...
通过对rmats2sashimiplot结果的解读,可以更清晰地发现不同样本之间的基因剪接差异,并发现潜在的生物学意义。 rmats2sashimiplot是一个强大的工具,能够帮助研究人员深入理解RNA测序数据中的基因剪接调控机制。通过对其结果进行详细解读,可以更好地发现剪接事件的差异和规律,为后续的生物学研究提供重要参考。希望这篇文章能够...