rMATS turbo使用 rMATS(reproducible RNA-seq Analysis of Transcript Splicing)是一个用于RNA测序数据分析的工具,用于检测基因的剪接事件。rMATS Turbo 是 rMATS 的改进版本,专注于更高的性能和更快的速度,能够允许不同长度的reads进行分析。 rMATS可识别的可变剪切事件有5种: skipped exon (SE),外显子跳跃,指一个...
设备设置下载并安装rMATS-turbo可以通过conda使用以下命令安装rMATS-turbo和所有必需的依赖项:conda install -c conda-forge -c bioconda rmats▲ 重要:为了避免软件包冲突,应在专用的conda环境中执行此操作。或者,在安装了所需的依赖项之后,可以通过GitHub存储库下载并安装rMATS-turbo:git clonehttps://github.com/...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令 >>> import sys >>> print sys.maxunicode 如果出现1114111则说明需要使用rMATS-turbo-Linux-UCS4...
接着让我们看看rMATS v4.0.2 (turbo)的用法 它只有一个步骤,直接根据分组对bam文件进行可变剪切的差异分析,通过统计模型对不同样本(有生物学重复的)进行可变剪切事件的表达定量,然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在IncLevel(Inclusion Level)水平上的差异(从公式上来看,IncLevel跟PSI的定义也是类...
根据编码类型的不同，选择使用不同版本的rMATS：输出结果为1114111时，选择rMATS-turbo-xxx-UCS4；输出结果为63353时，选择rMATS-turbo-xxx-UCS2。从下面的网址下载rMATS并解压，根据需要选择安装STAR及获取基因组的STAR索引文件。http://rnaseq-mats.sourceforge.net/download.html 软件使用 软件的使用方式非常简单，...
1.数据下载:https://sourceforge.net/projects/rnaseq-mats/files/latest/download gtf文件:Homo_sapiens.Ensembl.GRCh37.75.gtf 2.应该安装python2.7.x版本 3.基本用法:1)先判断用哪个版本的python解释程序 出现1114111说明用rMATS-turbo-Linux-UCS4 出现65535说明用rMATS-turbo-Linux-UCS2 ...
笔者在操作过程中,操作系统出现的结果是1114111,因此使用rMATS-turbo-Linux-UCS4下的文件。测试一下是否可以运行: 代码语言:javascript 复制 python/software/rMATS/rMATS.4.0.2/rMATS-turbo-Linux-UCS4/rmats.py--help 5)rmats2sashimiplot 代码语言:javascript ...
因此使用rMATS-turbo-Linux-UCS4文件夹下rmats.py#配置路径:echo'export PATH=~/biosofts/rMATS.4.0.2/rMATS-turbo-Linux-UCS4:$PATH'>>~/.bashrc source~/.bashrc python rmats.py##上面这行代码用不了,可能是环境变量的问题,改用如下代码:python/home/sxw/biosofts/rMATS.4.0.2/rMATS-turbo-Linux-UCS4...
我是在CentOS7服务器上安装的,从github里下载rMATS turbo v4.1.0源码,进入软件目录通过命令build: ./build_rmats --conda 激活rMATS创建的环境使用, 我使用从ENCODE上下的BAM文件(单端测序数据比对的BAM文件),按照软件文档给例子进行参数输入运行后,没结果。