1. 打开官网 http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.1.2/ 官网 2. 下载软件安装包 下载软件安装包 3. 上传到服务器并解压 上传到服务器并解压 解压安装包 4. 找到官网安装说明 https://github.com/Xinglab/rmats-turbo 安装说明 安装所需要的的环境 每个人的机器环境不一样,这个所需要的的环境需要自...
rMATS是常用的选择性剪切(alternative splicing)分析软件。目前最新版是rMATS 4.1.2,已经可以通过conda安装,步骤如下: 第一步创建小环境rmats conda create -n rmats -y conda activate rmats 第二步,安装rMATS 4.1.2 conda install -c bioconda rmats 第三步进入到rMATS软件目录 cd ~/miniconda3/envs/rmats/...
方法/步骤 1 官网下载 rMATS v4.0.1下载地址：http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.0.1/rMATS.4.0.1.tgz 2 安装依赖文件按官网说明安装pip install numpysudo apt-get install libblas-dev liblapack-devsudo apt-get install gfortransudo apt-get install libgsl0ldbl 3 关键步骤第二步的最后...
conda create -n rmats conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex anacon...
使用conda安装和管理复杂软件，如rmats，建议创建独立的conda环境，以确保软件版本的隔离和资源的优化使用。首先，安装conda，然后设置镜像以避免网络拥堵。新建一个名为rmats的环境，并在该环境中安装rmats软件，确保所有相关依赖在一个独立的环境中得到满足。安装完成后，通过查看软件列表确认安装成功。对于star...
R语言新手建议学习：
使用conda新建rmats环境 记住,是新建rmats环境 ,然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦,代码如下: 代码语言:javascript 复制 conda create-n rmats conda activate rmats conda search rmats-c bioconda conda install-c bioconda rmats=4.1.1conda clean--al ...
使用conda新建rmats环境 记住,是新建rmats环境 ,然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦,代码如下: conda create -n rmats conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 ...
基本上参考这篇文章使用conda安装复杂软件不妨给它独立的环境(以rmats为例) - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com),就可以实现,但要注意一些点:1.创建的虚拟环境推荐为python 3.6及以上,因为python 2.7安装numpy繁杂;2.推荐下载rMATS 4.1.1版本以上,可对修建后的reads(reads的长度不唯一:设置--variable-read-length...
使用conda新建rmats环境 记住,是新建rmats环境 ,然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦,代码如下: conda create -n rmats conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 ...