第二种是bam格式,rMATS支持其他比对软件比对后的结果bam文件作为输入,比如tophat等(那么hisat2也没啥问题,我试过),这样也能减少rMATS的运行时间。 新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先...
rMATS(reproducible RNA-seq Analysis of Transcript Splicing)是一个用于RNA测序数据分析的工具,用于检测基因的剪接事件。rMATS Turbo 是 rMATS 的改进版本,专注于更高的性能和更快的速度,能够允许不同长度的reads进行分析。 rMATS可识别的可变剪切事件有5种: skipped exon (SE),外显子跳跃,指一个或多个外显子连...
rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件,其最大特点是考虑了replicate,还针对配对样本(在医学方面很多都是tumor和normal配对)建立了统计模型,如此以来,得到的结果相对来说也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of differential alternative splicing from replicate RNA-Seq data》,软件的下载和使...
下载rMATS:首先,从rMATS的GitHub仓库(https://github.com/Xinglab/rmats-turbo)下载最新版本的源代码。 gitclonehttps://github.com/Xinglab/rmats-turbo.gitcdrmats-turbo AI代码助手复制代码 安装依赖:确保系统中安装了所需的Python库和R。 pip install numpy scipy pysam AI代码助手复制代码 如果系统中没有安装R...
使用conda新建rmats环境 记住,是新建rmats环境 ,然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦,代码如下: conda create -n rmats conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 ...
使用conda安装和管理复杂软件，如rmats，建议创建独立的conda环境，以确保软件版本的隔离和资源的优化使用。首先，安装conda，然后设置镜像以避免网络拥堵。新建一个名为rmats的环境，并在该环境中安装rmats软件，确保所有相关依赖在一个独立的环境中得到满足。安装完成后，通过查看软件列表确认安装成功。对于star...
作用:二代数据用rmats-turbo跑完之后得到各exon的五种可变剪切事件和count数,用ramts2sashimiplot可视化。 github网址:https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot 参考:https://cloud.tencent.com/developer/article/1366294 安装 方法一:conda # 建议创个新环境使用,因为conda安装的该软件适配python解释器是2.7的...
rmats使用 一款可变剪切识别的工具 学习手册:https://github.com/Xinglab/rmats-turbo(含安装方法和使用手册) 亦可conda 安装:conda install -c bioconda rmats 官方手册的大致翻译:https://zhuanlan.zhihu.com/p/500845376 结果文件解读(我认为还是非常清楚的):https://www.sohu.com/a/399506703_120736615...
gunzip rMATS.4.0.1.tgz tar-vxf rMATS.4.0.1.tar cd rMATS.4.0.1/ 代码语言:javascript 复制 # 进入python 看系统版本 python>>>importsys>>>print(sys.maxunicode)# 返回1114111#如果出现1114111则说明需要使用rMATS-turbo-Linux-UCS4文件夹下rmats.py;如果出现65535则说明使用rMATS-turbo-Linux-UCS2文件夹下...