RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的...
RIP-Seq(RNA Immunoprecipitation Sequencing)是一种用于研究RNA与蛋白质相互作用的高通量测序技术。它通过分析特定RNA结合蛋白(RBP)结合的RNA序列,揭示RBP在转录后调控中的作用。RIP-Seq数据的特点包括高通量、高灵敏度和能够捕捉到RBP与RNA的直接结合信息。
RIP-seq是将RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)与二代测序技术(NGS)相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术,RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物(RNA Binding Protein,RBP)沉淀下来,然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序,在全转录组...
RNA结合蛋白研究领域的RIP-seq实验，是一种通过抗体捕获细胞内RNA与蛋白复合物的高通量测序技术。它在理解转录后调控网络动态中扮演着关键角色，主要应用于研究RNA与蛋白的相互作用，包括非编码RNA如LncRNA、miRNA等。以下是RIP-seq实验的基本分析流程和两个案例分享。实验流程包括前期准备，如提供基因组信息...
用fastq-dump.2.9.6 --gzip --split-3 SRR7366882.sra -O Dir/RIPseq/SRR7366882将sra数据转换为fastq格式。 因为只有4个文件夹,所以是一个一个下的,如果数据比较多,可以写个循环 2.质控:fastqc 命令:fastqc -o dir/RIPseq/SRR7366882/fastqc -t 12 dir/RIPseq/SRR7366882/SRR7366882_1.fastq ...
m6A测序技术(m6A-seq):分析m6A甲基化水平变化。RNA免疫沉淀测序(RIP-seq):分析YTHDF2结合的RNA。ATAC-seq:分析染色质可及性,即基因组中开放染色质区域的鉴定。CUT&RUN:分析特定蛋白质在基因组上的结合位点。Ribo-seq:分析翻译过程中的RNA分子。电子显微镜技术:观察线粒体的形态变化。
RIP-seq以RNA免疫共沉淀为基础,运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化后对结合在复合物上的RNA进行测序分析。生物信息分析可以鉴定出在全转录组范围内被特定蛋白特异结合的RNA区域及类别。RIP-seq技术是了解转录后动态调控有力的研究工具之一,能帮助我们发现诸多miRNA的调节靶点。这种技术也...
RIP-Seq RNA结合蛋白免疫共沉淀测序技术(RIP-Seq)是研究细胞内RNA与其结合蛋白情况,了解转录后调控网络动态过程的前沿技术。其主要是利用针对特定蛋白的抗体对对应的RNA-蛋白质复合物进行沉淀,再分离复合物后提取结合在复合物上的RNA,并对其进行测序,分析和验证。RIP-Seq可用来了解不同样品中与特定蛋白结合RNA的整体水...
3.2 m6A-seq、转录组、RIP-seq联合分析锚定YTHDF1靶基因 m6A测序结果表明YTHDF1敲除前后,样本中m6A水平并未出现显著差异。这时候作者对YTHDF1进行了YTHDF1-RIP-seq(联川生物提供)后挖掘到了>2000个 candidate靶基因,通过与转录组及m6A测序进行取交集的韦恩图分析后发现,取交集后靶基因有706个,其中264个出现了下...
对rip-seq数据进行深入分析,包括基因表达水平的评估、数据可视化、差异表达基因的识别等,为生物信息学研究提供有价值的见解。 ,理想股票技术论坛