5.数据分析:对测序数据进行质量控制、序列比对、差异表达分析等,以识别RNA与蛋白质的相互作用。 6.验证:对识别到的RNA与蛋白质的相互作用进行实验验证,以确认真实性和生物学意义。 以上就是RIP-Seq的基本流程,需要注意的是,每个实验室的具体操作可能有所不同,需要根据实际情况进行调整和优化。©...
主要步骤包括紫外交联、准备裂解产物、准备免疫沉淀的磁珠、免疫沉淀 RNA连接的蛋白-RNA 复合物、文库构建、上机测序、生信分析等。具体流程如下图所示: 研究对象RNA主要包括mRNA、LncRNA、circRNA、miRNA,针对不同种类RNA选择不同的建库方式,其中mRNA、LncRNA、circRNA一般选择去除rRNA后构建链特异性文库,miRNA一般构建Sma...
首先使用甲醛交联剂来固定核糖核蛋白复合物(RNPs)。随后,通过抗体对相关RBP进行免疫沉淀(IP),这一步骤不仅增强了实验的特异性,也使得沉淀的RNPs更为纯净。最后,对提取出来的RNA进行靶基因的RT-qPCR检测,这一步骤不仅对RNA的表达水平进行了量化,也对其与RBP的相互作用进行了直接的检测(图3)。RIP技术成为研究RNA -蛋...
2. RIP-seq,用于筛选某样本中的诱饵蛋白可以结合哪些RNA。 RNA免疫沉淀(RIP)* 实验流程 图一:内源蛋白的RNA免疫共沉淀流程图 图二:标签融合蛋白的RNA免疫共沉淀流程图 RIP实验客户文章 1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA.Nature Methods,15(3): 213–220.2018,IF=28.4...
2. 项目流程须知 3. 注意事项 4. 打包及寄送建议 4.1 样本的打包 4.2 样本的名称标识 声明: 实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。 提取风险提示和注意...
实验流程包括前期准备，如提供基因组信息、选择合适的抗体（推荐使用ChIP或IP级别的抗体）和合适的样本（如组织、细胞等），并设置对照。具体步骤包括紫外交联、裂解产物准备、免疫沉淀、文库构建（如mRNA、LncRNA或miRNA的特异性文库）以及测序和生信分析。分析结果涉及基因组比对、功能元件分布分析、PCA分析等...
1.1. RIP 免疫沉淀实验流程 目前主要有两种不同的RIP 实验方法,大致流程如下(以细胞样品的处理过程为例): RNA Immunoprecipitation 准备足量的新鲜细胞,每个IP约1x107个细胞,用RIP裂解液裂解细胞 加入2-5ug抗体,抗体与蛋白,4℃孵育过夜 加入proteinA/G磁珠,4℃孵育4-6小时 清洗磁珠。 Proteinase K 解交连。
RNA IP-seq是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术,以 RNA 免疫共沉淀(RIP)实验为基础,采用针对目标蛋白的特异性抗体把相应的 RNA 与蛋白质复合物沉淀出来,分离纯化复合物中的 RNA,通过 Illumina 测序,在全转录组范围内研究被目标蛋白特异性结合的 RNA 区域或种类,并比较样品/组间差异。
RIP这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。 技术路线 图释:RIP-sequencing实验流程(Zhaoet al.Mol Cell,2010)...