rip-qpcr计算公式 RIP-qPCR的计算公式是△△Ct法,首先需要设定一个对照组(比如正常组)和实验组(比如处理组),对照组和处理组分别进行RIP实验和qPCR检测。然后通过比较两组的Ct值,可以得出△Ct值,再通过比较处理组和对照组的△Ct值,可以得出△△Ct值。最后通过比较不同样本的△△Ct值,可以得出它们之间的相对表达...
ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
我们的input通常为总量的1/10，即稀释了10倍，Log2 (Input Dilution Factor)≈3.3 计算示例：ΔCt=17.55-（14.05-3.3）=6.8 %input=2^（-6.8）*100%= 0.89742059% 2实验结果示例 2.1 Western检测结果 目的蛋白在目的细胞中有表达，条带大小正常，可用于后续实验。2.2 qPCR原始数据及数据处理 ...
针对RIP-qPCR(RNA结合蛋白免疫沉淀-实时定量聚合酶链反应)的数据分析,我们可以按照以下步骤进行: 1. 数据预处理 在进行RIP-qPCR数据分析之前,需要对原始数据进行预处理。这通常包括去除无效数据(如Ct值过高或过低的数据点)、归一化处理以及计算内参基因的表达水平等。 python # 示例代码:去除无效数据(假设data为包含...
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2、qPCR检测。 3、q-pcr数据处理 (ΔΔCt法) ΔCt [normalized IP] = (Ct [IP] - (Ct [Input] -Log2 (Input Dilution Factor))) % Input = 2 ^(-ΔCt [normalized IP])*100% 我们的input通常为总量的1/10,即稀释了10倍,Log2 (Input Dilution Factor)≈3.3 计算示例: input U1C U1 14.05 ...
如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或者进行定量,理论上说,使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是为了看IgG以及目的抗体富集的非特异性mRNA的量的话,那么可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设计primer进行qPCR,用来看IgG以及目的抗体...
如果对照的目的是保证两个样品间加入的细胞量一致或进行定量,可以使用input作为判别,计算不同样品上样量的差异。如果对照的目的是看IgG及目的抗体富集的非特异性mRNA的量,可以找一个确定不会与目的抗体结合的RNA片段设计primer进行qPCR,观察IgG及目的抗体拉下来的背景情况。 📚 RIP实验步骤及注意事项 提取RNA:使用酚...
如需要RIP-qPCR数据分析模板,可咨询伯信生物技术支持。 5.RIP实验有非特异性结合怎么办? 选择高特异性的IP级抗体,优先考虑经过验证的商业化抗体。 洗涤可以剧烈一些,经过洗涤可以将非特异性结合蛋白分子去除,加入试剂后吹打几次或涡旋几秒,也可适当增加洗涤次数,每次洗涤在磁力架去上清后再简单离心,用小枪头将管壁...
RIP-qPCR结果主要看富集效率%input,和富集倍数fold enrichment,没有明确的阈值要求,IP组的靶基因富集效率显著高于IgG组即为有效富集。 IP产物中靶标RNA含量低,信号弱,如何优化? 增加细胞量,并充分裂解释放细胞内的RNA-蛋白质复合物。同时,尝试调整抗体用量、磁珠孵育时间,以提高IP效率,或尝试优化RNA提取步骤。