ripqpcr数据分析 文心快码BaiduComate 针对RIP-qPCR(RNA结合蛋白免疫沉淀-实时定量聚合酶链反应)的数据分析,我们可以按照以下步骤进行: 1. 数据预处理 在进行RIP-qPCR数据分析之前,需要对原始数据进行预处理。这通常包括去除无效数据(如Ct值过高或过低的数据点)、归一化处理以及计算内参基因的表达水平等。
RIP结果pcr分析 RIP结果pcr分析 Real-time qPCR就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点，real-time qPCR由于其操作简便，灵敏度高，重复性好等优点发展非常迅速。设在已经涉及到...
RIP-qPCR结果主要看富集效率%input,和富集倍数fold enrichment,没有明确的阈值要求,IP组的靶基因富集效率显著高于IgG组即为有效富集。 10.IP产物中靶标RNA含量低,信号弱,如何优化? 增加细胞量,并充分裂解释放细胞内的RNA-蛋白质复合物。同时,尝试调整抗体用量、磁珠孵育时间,以提高IP效率,或尝试优化RNA提取步骤。 1...
RIP(RNA Immunoprecipitation)是一种通过特异性抗体富集与目标蛋白结合的RNA分子的技术,广泛应用于研究RNA与蛋白质的相互作用。本技术利用抗体捕获RNA结合蛋白(RBP)及其结合的RNA,结合高通量测序(RIP-Seq)或qPCR分析,可精准解析RNA-蛋白互作网络,揭示其在基因表达调控、疾病发生及细胞功能中的关键作用。 二、实验目的 本...
RNA免疫共沉淀RIP结果示例 rip qPCR检测数据 RIP组相对于input组的富集图(% input) RIP组相对于IgG组的富集图 RIP技术实验客户文章 1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA.Nature Methods,15(3): 213–220.2018,IF=28.467. ...
3. qPCR检测基因信息:物种、基因名称、长度和序列等,指定具体转录本(例如NCBI编号NM_001126113.2); 4. RIP产物的检测项目。 交付标准 1. RIP实验报告(方法、流程,结果); 2. RIP剩余产物。 案例解析 RIP实验的目的是分析与目的蛋白结合的RNA,原理则是运用针对目的蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分...
qPCR测定文库浓度 Agilent 2100测定文库片段大小 1.3. 生物信息分析流程 将测序结果与参考基因组比对,比对上唯一位置的序列用于后续标准信息分析及个性化分析。信息分析流程如下: 2. 生物信息分析 2.1. RIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,RIP文库的染色质片段在150-300bp之间,建库加入约140bp的接...
(6)RNA 纯化与分析 加入蛋白酶 K 去除蛋白质,进行 RNA 提取和定量,再通过 RT-qPCR 比较总输入样品和抗体富集 RNA 样品之间的富集程度,或进行文库准备和高通量测序。 图2. RIP实验流程 RIP实验结果解读 图3. RIP实验结果 1、一次完整严谨的RIP实验,应当包含IgG对照组、IP实验组以及Input组; ...
6. 定量PCR检测：配制PCR反应液，使用荧光定量qPCR仪进行PCR扩增，并对扩增结果进行分析，以测定细胞中蛋白MTOR与hsa_circ_0007142的相互作用情况。检测报告模板： 实验目的：明确说明实验的主要目标，即测定细胞中蛋白MTOR与hsa_circ_0007142的相互作用。 实验材料与方法：详细列出实验所用的试剂、仪器以及...