RIP实验的流程可以概括为以下几个步骤：首先，收集细胞并制备细胞裂解液；其次，将细胞裂解液与目的RNA结合蛋白和抗体混合，进行免疫沉淀；然后，洗涤并纯化免疫沉淀后的RNA；最后，将RNA逆转录为cDNA，并通过qPCR、微阵列或测序进行分析。在具体操作中，制备细胞裂解液的方法有两种：自然沉淀法和交联法。自然沉淀法包括...
meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的RNA 甲基化，是成功发现RNA 甲基化机理及功能的关键技术。MeRIP-seq 技术采用免疫共沉淀方法，即甲基化RNA 特异性抗体与被随机打断的RNA 片段进行孵育，通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，将富集下来的RNA片段进行高通量测序...
h. 在用抗CD3/CD28(5μg/ml,24小时)处理的激活的Ythdf2F/F(n=3独立样本)和Ythdf2CKO(n=3独立样本)CD8 T细胞中,通过RT-qPCR检测的Stat5a(左)和Rasgrp1(右)mRNA水平。 i. 在激活的Ythdf2F/F和Ythdf2CKO CD8 T细胞中,Stat5a(上)和Rasgrp1(下)基因位点上的ATAC-seq和H3K4me CUT&RUN分析。 j. 热...
作者观察到在患者和小鼠模型中,MAGED1蛋白水平随着促PH因子的作用而升高,但MAGED1基因mRNA却没有显著差异。于是针对YTHDF1作者1) 通过RIP-qPCR发现缺氧诱导PH的小鼠中YTHDF1结合的MAGED1 mRNA更加富集; 2)通过敲降和过表达YTHDF1发现影响MAGED1蛋白表达而不是mRNA水平;3)通过CHX处理区分验证了HPASMCs中过表达YT...
h. 在用抗CD3/CD28(5μg/ml,24小时)处理的激活的Ythdf2F/F(n=3独立样本)和Ythdf2CKO(n=3独立样本)CD8 T细胞中,通过RT-qPCR检测的Stat5a(左)和Rasgrp1(右)mRNA水平。 i. 在激活的Ythdf2F/F和Ythdf2CKO CD8 T细胞中,Stat5a(上)和Rasgrp1(下)基因位点上的ATAC-seq和H3K4me CUT&RUN分析。
此外,qPCR和免疫印迹分析进一步验证了凋亡和坏死性凋亡途径的激活(caspase3、RIP3和MLKL的激活);透射电子显微镜也观察到了Mettl3敲除的IECs中细胞凋亡和坏死性凋亡的亚细胞特征;免疫荧光共染揭示了Mettl3敲除后的单个IEC中可以同时存在凋亡和...
该技术的主要思路是通过将RIP与高通量测序技术联合,利用抗体将与目标蛋白质结合的RNA沉淀下来,然后进行富集和纯化,最后利用高通量测序技术对沉淀的RNA进行测序。这种技术的优点在于可以检测到低丰度的RNA,同时能够准确地定量分析RNA的表达水平。 最近几年关于m6A相关研究迅速发展,正是得益于meRIP-seq技术的开发及应用。
将RNA 逆转录为 cDNA,通过 qPCR、微阵列或测序进行分析 具体实验操作如下: 制备细胞裂解液(自然沉淀法) a)收集细胞(汇合度约80%-90%); b)细胞计数,每2-5mg的总蛋白对应5-20×10个细胞,取细胞量参考使用的试剂盒; c)离心收集细胞; d)PBS洗涤细胞后离心收集细胞沉淀重复2次; ...
h. 在用抗CD3/CD28(5μg/ml,24小时)处理的激活的Ythdf2F/F(n=3独立样本)和Ythdf2CKO(n=3独立样本)CD8 T细胞中,通过RT-qPCR检测的Stat5a(左)和Rasgrp1(右)mRNA水平。 i. 在激活的Ythdf2F/F和Ythdf2CKO CD8 T细胞中,Stat5a(上)和Rasgrp1(下)基因位点上的ATAC-seq和H3K4me CUT&RUN分析。
此外，该试剂盒还采用先进的ProteinA/G和缓冲液体系，提高了信噪比并降低了背景。同时，它兼容下游的RT-qPCR及RIP-Seq技术，并提供阳性及阴性对照抗体和qPCR引物（可选），以满足用户的不同需求。此外，我们还提供了Magna MeRIP™ m6A Assay Kit，它采用MeRIP技术来鉴定和筛选m6A。在此技术中，RNA会被打断成100个...