1)pCp-biotin可高效的标记和筛选嵌合体RNA (图1b);2)RIC-seq可准确捕获pre-miRNA和TERC等各种类型非编码RNA的二级结构(图1c-e);3)RIC-seq可鉴定U1 snRNA在MALAT1上的作用位点(图1f, g);4)并可准确解析28S rRNA的原位高级结构(图1h, i)。 图1 RIC-seq可准确捕获RNA的原位高级结构及作用靶标。 2)...
1. RIC-seq能够直接从RNA层面研究蛋白质与其他生物分子的相互作用,有助于揭示复杂的分子信号网络。 2. 通过高通量测序技术,能够获得大量的数据,为研究细胞内分子相互作用网络提供了丰富的信息。 3. RIC-seq方法具有较高的灵敏度和特异性,可以检测到低丰度的相互作用分子。 应用领域 RIC-seq技术广泛应用于生物学和...
2. 全面验证RIC-seq能否准确解析RNA与RNA间的相互作用 首先,pCp-biotin的标记和选择是成功的,因为发现90%的嵌合体中含有额外的胞嘧啶(Figure 1b);Figure 1c用已知结构的pre-miR-296验证了RIC-seq在单核苷酸分辨率上捕获了pre-miRNA的茎环结构; Figure 1d则发现HeLa细胞中34%表达的前mirna (n = 825)包含以pc...
RIC-seq是一项全球领先的原始创新技术，由中科院生物物理研究所薛愿超课题组开发，能够捕获细胞内RNA原位高级结构及分子间相互作用位点，相关研究成果于2020年5月在《自然》（Nature）杂志在线发表[1]。RIC-seq技术具有重要的应用价值，可用于系统描绘细胞内全局RNA互作图谱，特别是増强子与启动子的互作网络，...
RIC-seq技术通过甲醛交联固定RNA-RNA原位相互作用，膜穿孔并利用微球菌核酸酶处理去除游离RNA片段，随后在RNA3’末端进行pCp-biotin标记并原位进行近端连接，最后裂解细胞提取总RNA并纯化含有C-biotin标记的嵌合体RNA片段进行建库测序。该技术具有高效标记、准确捕获各种类型非编码RNA二级结构、鉴定RNA作用位点及...
Nature | www.nature.com | 1ArticleRIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactionsZhaokui Cai 1,2,5 , Changchang Cao 1,5 , Lei Ji 1,5 , Rong Ye 1,2 , Di Wang 1,2 , Cong Xia 3 , Sui Wang 1,2 , Zongchang Du 1,2 , Naijing Hu 1,2 , Xiaohua Yu ...
RIC-seq技术的基本流程是对细胞进行甲醛交联以固定蛋白质介导的RNA-RNA原位相互作用,之后在保持细胞完整性的情况下进行膜穿孔,并利用微球菌核酸酶处理以去除游离的RNA片段;然后在RNA的3'末端进行pCp-biotin标记并在原位进行近端连接;最后,裂解细胞,提取总RNA,纯化含有C-biotin标记的嵌合体RNA片段进行建库测序。
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2021年5月21日,中国科学院生物物理研究所薛愿超课题组在Nature Protocols杂志上在线发表了题为“Global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions with RIC-seq”的研究论文。 为了捕获细胞内RNA原位高级结构和非编码RNA作用靶标,薛愿超课题组先前开发了RIC-seq(RNA in situ conformation sequencing)新技术(Ca...
该工作开发了能够捕获细胞内RNA原位高级结构及分子间相互作用位点的RIC-seq新技术,解析了HeLa细胞中mRNA和非编码RNA的构象和组织规律,绘制了全基因组增强子-启动子RNA调控网络图谱,并阐明了增强子RNA激活癌基因MYC转录的新机制。 RNA结构在遗传信息传递过程中发挥了关键的调节作用,比如:剪接体中snRNA结构的动态变化保证...