一、Ribo-seq简介 Ribo-seq(核糖体印记测序),作为一种翻译组测序技术,已被广泛应用于研究细胞内mRNA的翻译动态。通过测序与核糖体结合的mRNA片段(RPFs),该技术能够揭示在特定条件下哪些mRNA正在被翻译,以及它们的翻译效率和起始位点等关键信息。Ribo-seq的应用极大地促进了对基因表达转录后调控、疾病机制和药物作用机理...
翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA、circRNA等)的信息与精确定量。 Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻译的RNA片段(ribos...
目前,云序生物可提供两种翻译组测序:(1)Ribo-seq(Ribosome profiling sequencing核糖体印迹分析)和(2)Polysome-seq(多聚核糖体表达谱分析),可实现对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA、circRNA等)的信息与精确定量。 那两种的测序方法的...
翻译组测序(Ribo-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻...
翻译组测序(Ribo-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻...
翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被...
Ribo-seq 组基本分析 1. 原始数据过滤与测序质量评估 2. rRNA、tRNA 去除,reads 长度过滤 3. 参考基因组比对、参考转录组比对 4. Ribosome 实验质量质控(reads长度分布、RFs分布、3nt周期性特征) 5. 差异翻译基因分析 6. 差异翻译基因热图(仅限有生物学重复) 7. 差异翻译基因GO KEGG分析 8. 基因翻译效率计...
Cell Rep | Ribo-seq应用:翻译因子Ded1和Dbp1在翻译调控和应激反应中的差异性作用 导读DEAD-box ATP酶是调控RNA的关键蛋白,功能包括mRNA降解、核糖体生成、mRNA输出和翻译起始。它们被称为“RNA重塑因子”或“DEAD-box ATP酶”,而非传统的“DEAD-box解旋酶”。翻译起始需酵母中的Ded1(哺乳动物中为DDX3... ...
一、核糖体印记测序Ribo-seq的定义 核糖体印记测序Ribosome Profiling (即Ribo-seq) 是针对RNA到蛋白质的翻译过程的研究。通过高通量测序技术研究被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段,对此片段进行深度测序分析。从转录后水平分析翻译效率,揭示转录组与蛋白组结果不一致的真相。
核糖体是将mRNA编码序列解码为蛋白序列的核心机器,ribosome profiling(又称Ribo-seq、核糖体测序等)通过捕获翻译过程中核糖体保护的RNA片段,并对这些片段进行测序,可在组学层面检测细胞内瞬时蛋白表达情况。自2009年首次应用于酵母翻译组研究以来,Ribo-seq已在大量研究中被广泛使用。然而如何获得高质量的Ribo-seq数据在...