Ribo-seq(核糖体印记测序),作为一种翻译组测序技术,已被广泛应用于研究细胞内mRNA的翻译动态。通过测序与核糖体结合的mRNA片段(RPFs),该技术能够揭示在特定条件下哪些mRNA正在被翻译,以及它们的翻译效率和起始位点等关键信息。Ribo-seq的应用极大地促进了对基因表达转录后调控、疾病机制和药物作用机理的理解。 二、Ribo...
Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻译的RNA片段(ribosome footprints, RFs),然后对这些被核糖体保护的30nt左右的RNA片段进行富集、深度测序、分析。可获得全基因组水平的蛋白翻译效率,发现新蛋白/短肽,翻译组测序可以和转...
Ribosome profiling 技术是将与核糖体结合 RNA 转录本分解成长度约为30nt的片段,并对这些片段进行富集和测序,从而对正在翻译的RNA进行定量和ORF结构分析,结合 mRNA-seq 和 ncRNA-seq 技术,更能揭示翻译效率和具有翻译潜能的sORF。诺禾致源目前已经积累的 ...
翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被...
对正在翻译的RNA 片段(RPFs)进行测序,从转录后翻译水平分析翻译效率,揭示转录组与蛋白组结果不一致的现象,挖掘新的可翻译分子。 Ribo-seq关键特点: 富集与长度约为30nt的RPFs测序,计算翻译效率、翻译动态变化情况,推测起始密码子位置和uORF等信息。 图2 Ribo-seq技术原理 Ribo-seq部分分析介绍 1、P-site分析 翻译...
目前,云序生物可提供两种翻译组测序:(1)Ribo-seq(Ribosome profiling sequencing核糖体印迹分析)和(2)Polysome-seq(多聚核糖体表达谱分析),可实现对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA、circRNA等)的信息与精确定量。
Ribo-seq 组基本分析 1. 原始数据过滤与测序质量评估 2. rRNA、tRNA 去除,reads 长度过滤 3. 参考基因组比对、参考转录组比对 4. Ribosome 实验质量质控(reads长度分布、RFs分布、3nt周期性特征) 5. 差异翻译基因分析 6. 差异翻译基因热图(仅限有生物学重复) 7. 差异翻译基因GO KEGG分析 8. 基因翻译效率计...
Ribo-seq (Ribosome profiling),即核糖体印迹测序技术,系由 Weissman 课题组于 2009 年首次发表的翻译组学研究技术[1]。利用 Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度,还能直接对翻译过程进行研究。表观生物通过技术优化,将Ribo-seq数...
核糖体印迹测序(Ribosome profiling, Ribo-seq),能够详细检测体内的翻译状态。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的mRNA以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的mRNA片段进行测序,能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析,可以计算出蛋白质的合成速率。
翻译组测序(Ribo-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻...