常规Ribo-seq技术可以检测转录本上核糖体的分布、翻译活性,是阐述翻译机制的经典研究工具,但无法区分翻译中的活跃核糖体和非活跃的核糖体。表观生物为了满足生物医学领域对翻译组测序技术的更高需求,在国内率先引进意大利IMMAGINA Biotechnology公司RiboLace技术,推出活跃翻译组测序 Active Ribo-seq 服务。这是一种基于生物...
外协经费:5.274万元 任务内容:对样本进行9个Ribo-seq及RNA-seq建库测序质控分析并出具报告 公示期:2024年12月17日—2024年12月19日 申明关联关系:无 公示期间,如对以上外协事宜存在异议,请于本公告发布之日起3个工作日内,向科技部反映并提交书面材料(备注:以单位名义提出异议的,须请单位负责人在书面异议材料上...
教程在:肿瘤外显子数据处理系列教程(二)质控与去接头 (qq.com)[https://mp.weixin.qq... jiarf阅读 1,012评论 0赞 2 转录组分析 | 使用FastQC进行数据质控 随着测序成本的不断降低,RNA-seq已经是许多实验的标配。经过小编一段时间的准备,接下来的几周时间里,将推出一系... 生信小王子阅读 5,067评论...
使用python 进行 Ribo-seq 质控分析 一 (qq.com) ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 随笔 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 老俊俊的生信笔记半路出家自学的生信,研一做过一年实验,然后主要做数据分析。目前研究方向为表观遗传修饰...
诺禾致源Ribo-seq信息分析包括标准分析流程和个性化分析流程。 标准分析流程:该部分包括Ribo-seq单组学分析以及与mRNA-seq数据进行关联分析(如无mRNA-seq数据,则不呈现翻译效率等分析内容)。 个性化分析流程:该部分为Ribo-seq与ncRNA-seq、蛋白质组关联分析。 Ribo-seq单组学分析包括基因翻译水平定量分析、翻译水平差异...
微量meRIP-seq送样要求 样本类型: 1. 总RNA,500ng--20ug 2. 细胞,数量为5x106~107 3. 组织,质量为10~20mg 样本物种: 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 表观生物实测数据 图1. Peaks结构百分比图 图2. m6A修饰位点富集于终止密码子区域 图3. motif分析结果 ...
测序策略:HiSeq PE150,推荐数据量:3G clean data 项目周期:35个工作日 生物信息分析内容: 1、数据质控 2、基因表达水平分析 3、差异基因筛选 4、GO/KEGG富集分析 5、蛋白互作网络分析 6、与转录组测序或蛋白质组数据联合分析 7、可视化结果展示 应用方向: 1、发现和鉴定新蛋白 2、蛋白质差异表达分析 3、非编...
此外,基于Ribo-seq数据的通路分析显示,METTL1过表达细胞中上调的mRNA与细胞周期过程和细胞衰老密切相关,从而证实了观察到的METTL1过表达细胞在整个细胞周期中分布的变化。同样,GO富集分析表明,TE增加的基因与细胞周期过程之间存在关联,并且细胞周期效应在G2/M期的调控中比在G1/S期更为明显(图5 C)。值得注意的是,...
2. 每个样品均进行 Ribo-seq 和 longRNA-seq (采用去rRNA建库法)。3. 样本数建议:3 VS 3。测序方案1. 测序平台:Illumina NextSeq CN500/NovaSeq 60002. 测序模式:SE 753. 测序数据量: 40M分析内容 实测数据及分析结果示例 图1. 表观生物通过K562细胞 Ribo-seq,下机质控数据显示具有显著的3nt周期特征...
1.核糖体测序 reads 质控后过滤,保留没有比对上的 reads 2.将想要研究的 circRNA 序列以 junction 为中心提取 100nt 作为虚拟的参考基因组,然后将第一步保留的 reads 比对到参考基因组上。最后将跨 junction 位点的 reads 保留作为 RMRJs(Reads Mapped Region on a Junction),实际上是作为翻译的候选 circRNA。