标准分析流程:该部分包括Ribo-seq单组学分析以及与mRNA-seq数据进行关联分析(如无mRNA-seq数据,则不呈现翻译效率等分析内容)。 个性化分析流程:该部分为Ribo-seq与ncRNA-seq、蛋白质组关联分析。 Ribo-seq单组学分析包括基因翻译水平定量分析、翻译水平差异分析以及翻译相关位点分析,此部分展示如下: Ribo-seq测序分析...
两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在远端基因间区域,其次是位于基因TSSs上游2kb的启动子区域;外显子和内含子区域分布数量最少。染色质信号更趋向于富集在TSS区域。CK和LT样本的ATAC-seq数据用IGV可视化,三个生物学重复数据高度一致。 图7 CK和LT样本ATAC-seq数据分析结果 7 远端可及染色质和相关基因分析 ...
其次基于Ribo-seq的建库原理,大部分的核糖体在mRNA上的足迹是3的整数倍,大部分RPF信号在CDS区是呈现三碱基周期性。最后,理论上RPF 5’端比对位置开始于起始密码子上游 12~13nt,停止于终止密码子上游 15nt左右的位置,而mRNA-seq 的数据是随机分布的。
2. 每个样品均进行 Ribo-seq 和 longRNA-seq (采用去rRNA建库法)。3. 样本数建议:3 VS 3。测序方案1. 测序平台:Illumina NextSeq CN500/NovaSeq 60002. 测序模式:SE 753. 测序数据量: 40M分析内容 实测数据及分析结果示例 图1. 表观生物通过K562细胞 Ribo-seq,下机质控数据显示具有显著的3nt周期特征...
Ribo-seq相关分析方法 reads过滤:fastq_illumina_filter使用参数-keep N -v保留最佳质量的reads。 Adapter切除:fastx_clipper使用参数-Q 33 -a CTGTAGGCACCATCAAT -l 25 -n -v进行切除,然后在使用fastx_trimmer使用参数-Q 33 -f 2去除每次读取的5'端第一个核苷酸(原因是它在逆转录过程中经常代表一个未模板化...
值得注意的是,密码子频率分析表明,在METTL1过表达细胞中表现出较高TEs的mRNA具有更大的密码子,这些密码子被m7G修饰的tRNA解码(图5 B)。此外,基于Ribo-seq数据的通路分析显示,METTL1过表达细胞中上调的mRNA与细胞周期过程和细胞衰老密切相关,从而证实了观察到的METTL1过表达细胞在整个细胞周期中分布的变化。同样,GO...
标准分析流程:该部分包括Ribo-seq单组学分析以及与mRNA-seq数据进行关联分析(如无mRNA-seq数据,则不呈现翻译效率等分析内容)。 个性化分析流程:该部分为Ribo-seq与ncRNA-seq、蛋白质组关联分析。 Ribo-seq单组学分析包括基因翻译水平定量分析、翻译水平差异分析以及翻译相关位点分析,此部分展示如下: Ribo-seq测序分析...
对Ribo-seq数据和RNA-seq数据的比较分析表明,在转录水平上,基因表达的倍性变化与翻译水平的变化呈中度相关(R2=0.69)。然而,在干旱条件下,只有不到一半的响应基因被转录和翻译所共享,这表明干旱胁迫可以独立地引起转录和翻译反应。我们发现在干旱胁迫下,931个基因的翻译效率发生了明显的变化。进一步分析表明,基因的...
2. 每个样品均进行 Ribo-seq 和 longRNA-seq (采用去rRNA建库法)。 3. 样本数建议:3 VS 3。 测序方案 1. 测序平台:Illumina NextSeq CN500/NovaSeq 6000 2. 测序模式:SE 75 3. 测序数据量: 40M 分析内容 实测数据及分析结果示例 图1. 表观生物通过K562细胞 Ribo-seq,下机质控数据显示具有显著的3nt...
Ribo-seq相关分析方法 reads过滤:fastq_illumina_filter使用参数-keep N -v保留最佳质量的reads。 Adapter切除:fastx_clipper使用参数-Q 33 -a CTGTAGGCACCATCAAT -l 25 -n -v进行切除,然后在使用fastx_trimmer使用参数-Q 33 -f 2去除每次读取的5'端第一个核苷酸(原因是它在逆转录过程中经常代表一个未模板化...