一、 数据的产生以及Ribo-seq数据的特征 本文Ribo-seq建库方法 测序量如下,可以明显看到Ribo-seq所需要的测序量很高,而且由于大量的rRNA最终比对上的有效的Reads大约只有12%。 Ribo-seq测序量: WW seedlings:240 million reads DS seedlings: 150 million reads RNA-seq测序量: WW seedlings:32 million reads DS s...
翻译组测序(Ribo-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻...
1、提取total RNA 2、用核糖核酸酶进行消化 3、消化蛋白 4、获取被核糖体保护的RNA 5、建库测序 三、RNc-seq VS Ribo-seq 目前翻译组研究中主要存在两种技术,分别为 RNC-seq与 Ribo-seq。二者之间区别主要在于 RNC-seq 目标是全长翻译中的mRNA 测序,而 Ribo-seq 是把 mRNA 中被核糖体包裹的所有片段获取下...
标准分析流程:该部分包括Ribo-seq单组学分析以及与mRNA-seq数据进行关联分析(如无mRNA-seq数据,则不呈现翻译效率等分析内容)。 个性化分析流程:该部分为Ribo-seq与ncRNA-seq、蛋白质组关联分析。 Ribo-seq单组学分析包括基因翻译水平定量分析、翻译水平差异分析以及翻译相关位点分析,此部分展示如下: Ribo-seq测序分析...
Ribo-seq同时做转录组建库,请另外按照转录组送样要求进行样本的准备,不可使用同一管样本建库。 细胞与动物组织 polysome buffer 配方 试剂浓度 Tris-Cl pH 7.5 20mM NaCl 150mM MgCl2 5mM DTT 1mM 7 样本打包及寄送建议 7.1 样本的打包 (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口...
经项目负责人申请,按照《四川大学落实赋予科研管理更大自主权的补充规定》(川大校〔2020〕1号)的相关规定,现对以下项目进行公示: 一、项目信息 项目名称:9个Ribo-seq及RNA-seq建库测序质控分析技术服务...
2. 每个样品均进行 Ribo-seq 和 longRNA-seq (采用去rRNA建库法)。3. 样本数建议:3 VS 3。测序方案1. 测序平台:Illumina NextSeq CN500/NovaSeq 60002. 测序模式:SE 753. 测序数据量: 40M分析内容 实测数据及分析结果示例 图1. 表观生物通过K562细胞 Ribo-seq,下机质控数据显示具有显著的3nt周期特征...
对比文件CN106434625A,2017.02.22CN106047864A,2016.10.26GuillermoEastman等.FollowingRibosomeFootprintstoUnderstandTranslationataGenomeWideLevel.《ComputationalandStructuralBiotechnologyJournal》.2018,第16卷第167-176页.审查员王婷(54)发明名称一种构建Ribo-seq测序文库的方法(57)摘要本发明公开了一种构建Ribo‑seq测序...
Truseq RNA RiboZero 优势 限制 定向RNA 建库 掺U 法 ScriptSeq 合并 第15 期原视频 微信内使用腾讯源,理论上无广告 第七期回顾 背景 🔎 在抽提到的总 RNA 中,绝大部分都是核糖体 RNA。 以人类的细胞或组织为例,一般抽提到的总 RNA 当中,...
1.简单快速、高效的rRNA去除流程; 2.针对RNA-seq具有极好的生物学重复; 3.通过精心计算设计,保守区域和非保守区域均获得很好覆盖; 4.可根据样本类型灵活选择,或者组合不同ribo-Pools搭配使用。 物种通用型-ribo-Pools Pan-ribo-Pools是一种物种通用型的rRNA去除试盒剂,可对同一系统发育类群的物种(如细菌、真菌、...