wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.clanin 运行`cmpress`命令对Rfam.cm文件进行处理,使其可以用于`cmscan`程序。 cmpress Rfam.cm 这将生成四个附加文件:`Rfam.cm.i1f`,`Rfam.cm.i1i`,`Rfam.cm.i1m`和`Rfam.cm.i1p`。 3. 使用cmscan识别Rfam: 使用cmscan程序来识别与任...
. 表示同一条链上,不存在与此查询序列重叠的序列也在Rfam数据库有匹配,这是需要保留的查询序列。 ^表示同一条链上,不存在比此查询序列与Rfam数据库匹配更好的序列,也需要保留。 = 表示同一条链上,存在比此类查询序列与Rfam数据库匹配更好的序列,因此应将搜索到=的行给去除掉。 grep -v '=' my-genome.tblo...
Rfam数据库简介 欢迎关注”生信修炼手册”!Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差 数据库 二级 官网 原创 庐州月光 2022-06-21 09:09:06 826阅读 数据库介绍 数据库技术概述数据(Data)早期计算机系统主要用于科学计算,数据主要指数值型数据现代的计算机系统数据是广义的,包括数...
运行 # Rfam12.2.claninfo 为下载的claninfo文件,需提供所在路径# Rfam.cm 下载的cm文件# my-genome.fa 待查询序列# my-genome.cmscan 输出结果# my-genome.tblout 有一个输出结果cmscan-Z`esl-seqstat my-genome.fa|awk'{if($0~/^Total/) print int($4/2000000);}''`--cut_ga--rfam--nohmmonly...
Rfam 11 版本中包含了383,004 条序列和 2,208 个 cms(即 2,208 个 rfam 家族)。 $ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.fasta.gz $ gzip -d Rfam.fasta.gz $ formatdb -i Rfam.fasta -p F $ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.cm.gz ...
Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理,网址如下 http://rfam.xfam.org/ 最新版本为14.0, 在Rfam数据库中,包括以下3大功能类型的分子 ncRNA genes cis-regulatory elements ...
商标名称 RFAM 国际分类 第42类-网站服务 商标状态 商标注册申请 申请/注册号 27171382 申请日期 2017-10-30 申请人名称(中文) 武汉盛世农图智能科技有限公司 申请人名称(英文) - 申请人地址(中文) 湖北省武汉市江岸区后湖街金桥大道18号新地盛世东方8栋3层1室 申请人地址(英文) - 初审公告期号 - 初审公告...
Rfam是一个数据库,用于鉴定非编码RNA,使用时通过perl运行,需要perl,blast,bioperl和infernal的支持。 今天分享的是使用Rfam鉴定非编码RNA: 操作步骤 安装程序 $ tar zxf /opt/software/rfam.tar.gz -C /opt/biosoft/ $ tar zxf /opt/software/infernal-1.0.2.tar.gz $ cd infernal-1.0.2/ $ ./configure...
rfam数据库的大类 RFAM数据库的大类是一个用于存储和研究非编码RNA序列和结构信息的公共数据库。它提供了大量基因组范围的RNA家族、序列和结构注释信息。RFAM数据库的大类可以帮助研究人员更好地理解非编码RNA的功能和作用。 在RFAM数据库的大类中,有许多重要的RNA家族,例如tRNA、rRNA和snRNA等。这些RNA家族在生物...
Rfam数据库简介 欢迎关注”生信修炼手册”!Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理,网址如下http://rfam.xfam.org/最新版本为14.0,在Rfam数据库中,包括以下3大功能类型的分子ncRNAgenescis-regulatoryelements ...