Rfam官网的batch run 提交 输入文件分割 输出文件的读取 本地安装运行infernal 1.安装Infernal: 2. 准备Rfam数据: 3. 使用cmscan识别Rfam: 4. python读取输出的表格文件 目标:手头有一个fasta文件,对其中的序列批量注释Rfam,并使用python读取输出表格。 方法(可直接跳转下面小标题): 如果不超过一百条或者几百条,...
# Rfam12.2.claninfo 为下载的claninfo文件,需提供所在路径 # Rfam.cm 下载的cm文件 # my-genome.fa 待查询序列 # my-genome.cmscan 输出结果 # my-genome.tblout 有一个输出结果 # 对500M大小的输入序列,48线程,需要7个小时,最好放入后台 cmscan -Z 6 --cut_ga --rfam --nohmmonly --tblout my...
rfam-family-pipeline Public Backend for the Rfam family building pipeline Perl 3 2 rfam-cloud-toolkit Public Terraform configuration to deploy nfs server on cloud infrastructures HCL 2 Repositories Loading Type Language Sort Showing 10 of 17 repositories rfam-production Public Rfam produc...
rfam数据库的大类 RFAM数据库的大类是一个用于存储和研究非编码RNA序列和结构信息的公共数据库。它提供了大量基因组范围的RNA家族、序列和结构注释信息。RFAM数据库的大类可以帮助研究人员更好地理解非编码RNA的功能和作用。 在RFAM数据库的大类中,有许多重要的RNA家族,例如tRNA、rRNA和snRNA等。这些RNA家族在生物...
Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理,网址如下 http://rfam.xfam.org/ 最新版本为14.0, 在Rfam数据库中,包括以下3大功能类型的分子 ncRNA genes cis-regulatory elements ...
Rfam 11 版本中包含了383,004 条序列和 2,208 个 cms(即 2,208 个 rfam 家族)。 $ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.fasta.gz $ gzip -d Rfam.fasta.gz $ formatdb -i Rfam.fasta -p F $ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.cm.gz ...
Rfam数据库简介 欢迎关注”生信修炼手册”!Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理,网址如下http://rfam.xfam.org/最新版本为14.0,在Rfam数据库中,包括以下3大功能类型的分子ncRNAgenescis-regulatoryelements ...
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Rfam数据库使用介绍
Rfam是用来鉴定非编码RNA的数据库,常用于注释新的核酸序列或基因组序列。 最新版本的Rfam14.4,已经包含了3941个家族。 Rfam官方网址:https://rfam.xfam.org/#searchTypeBlock Rfam用户手册:http://eddylab.org/infernal/Userguide.pdf Rfam的安装和使用流程: ...