resp2(0.5)电荷: 如果电荷是用于非可极化力场下的分子模拟,最理想的是用resp2电荷,即在气相和液相下的resp电荷取平均。 对于gaussian,液相计算时在参数设置时选择IEFPCM,溶剂选择实际的溶剂,气相计算时选择none,分别计算resp电荷,最后在excel中取平均作为最终的电荷。 做能量极小化分子分开,在不同角落里: packmol时...
RESP2这篇文章基于非主流的SMIRNOFF力场,对一批有机体系模拟了密度、蒸发焓、介电常数、水合自由能,根据文中的数据可以发现以下情况(以下RESP代表HF/6-31G*气相算的RESP电荷,RESP2代表PW6B95/aug-cc-pV(D+d)Z算的RESP2电荷): (1)不重新优化LJ参数时,基于RESP2(0.6)电荷算的介电常数比RESP好很多,其它性质...
计算真空里RESP电荷时模型选错了，应该改为与水溶液里使用的模型完全一致，并且施加-2的总电荷 ...
在谈RESP2电荷之前，先说一些相关知识。在溶剂环境下，溶质的电荷分布会被溶剂环境所极化。量子化学计算...
RESP_ORCA.sh和RESP2_ORCA.sh里默认用的优化级别和基于Gaussian的脚本(RESP.sh和RESP2.sh)有所不同,这里用的是ORCA才支持的B97-3c,因为这个级别做优化很快,结果准确度也不错。由于这个差异,以及ORCA和Gaussian在溶剂模型的实现上有所差异,所以基于Gaussian和基于ORCA的脚本得到的RESP或RESP2电荷可能有零点零几的差...
18选择resp电荷计算 1直接进行计算 y确定生成 然后用gaussian view将pdb文件转成mol2文件,用sobtop导入电荷信息。 例子: 模拟水中分子的疏水腔: 画分子的pdb文件,用sobtop生成分子的top和itp文件,同时生成水的top和itp文件。 用packmol形成两种分子的混合模型的pdb文件,更改top文件,正确引用itp文件,注意顺序,同时注意...
肯定是优化后的，因为RESP2（0.5）电荷是算的优化后的结构。优化后结构保存为mol2文件提交到sobtop就...
目前为了使用Resp2电荷用于gromacs动力学模拟，使用multiwfn计算了各个片段的resp2电荷，但是在导入力场itp...
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 Idea of RESP2 atomic charge and its calculation inMultiwfn 文/... 1970-01-01T08:00:00+08:00 Typecho http://sobereva.com/feed/atom/531
18选择resp电荷计算 1直接进行计算 y确定生成 然后用gaussian view将pdb文件转成mol2文件,用sobtop导入电荷信息。 例子: 模拟水中分子的疏水腔: 画分子的pdb文件,用sobtop生成分子的top和itp文件,同时生成水的top和itp文件。 用packmol形成两种分子的混合模型的pdb文件,更改top文件,正确引用itp文件,注意顺序,同时注意...