同时存有resp电荷信息的是 LIG.resp2out 文件,如下: q(opt)一列即所需resp电荷,与qout_stage2保持一致。 该拟合相当于拟合了两次,第一次拟合得到LIG.resp1out文件,该文件中q(opt)一列电荷与qout_stage1文件中保持一致。第二次拟合得到LIG.resp2out文件,在LIG.resp2out中q(init)一列即LIG.resp1out中q(o...
resp2(0.5)电荷: 如果电荷是用于非可极化力场下的分子模拟,最理想的是用resp2电荷,即在气相和液相下的resp电荷取平均。 对于gaussian,液相计算时在参数设置时选择IEFPCM,溶剂选择实际的溶剂,气相计算时选择none,分别计算resp电荷,最后在excel中取平均作为最终的电荷。 做能量极小化分子分开,在不同角落里: packmol时...
如果能正确读取，把脚本稍微改写一下就可以实现Multiwfn+Terachem产生RESP电荷。如果不能正常读取，还得多...
1.请教是否有优雅的方法将片段的RESP电荷信息添加到整个共聚物的.itp文件中，进而用于MD？只能一个一个...
1 //开始标准两步式RESP电荷拟合 回车 Multiwfn计算的resp电荷直接打印在屏幕上 该软件具体计算步骤参见如下链接: RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 2,如果安装了amber,可以使用amber下边的antechamber命令。
Psi4量子化学计算包提供了RESP计算模块,让我们能从头到尾用一个软件完成整个的RESP电荷计算。这个计算模块提供用户定义约束等价原子电荷的功能以及对多个构象进行加权处理。作者采用Connolly分子表面生成格点进行计算。可以进行两步优化,即先不开启对称性约束以及小的约束强度进行对极性部分进行拟合,然后第二步拟合加上对称性...
聚合物RESP电荷获得 聚合物RESP电荷是一种计算分子力学中的电荷分布方法,用于描述聚合物化合物中的分子极性和分子间相互作用。通过分析分子的结构和分子中重要的化学键,可以计算得到聚合物的原子电荷分布。这些电荷信息可以用来预测聚合物的物化性质和反应行为,从而有助于化学工程师设计新型高性能聚合物材料。
RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法,在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)中笔者对RESP电荷有非常详细的介绍。RESP电荷的具体数值明显依赖于计算电子波函数用的量子化学方法和基组,以及对溶剂效应的考虑。有不少人关心到底什么计算级别最适合计算RESP电荷,...
使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷的过程大致分为两步:首先通过gaussian计算得到esp电荷,然后使用antechamber拟合resp电荷. 1,构建分子的结构文件,并存为mol2文件 2,使用gaussian优化结构 (1)关键词如下:#p HF/6-31G* SCF Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt ##其中,Pop=MK是生成Ante...
Multiwfn在计算RESP电荷的时候,对于3.6、3.7版默认用的是MK方式设置拟合点(以后版本有可能会改变,届时看Multiwfn的RESP模块界面上的选项提示便知默认的是什么),拟合点位置由Multiwfn自己的代码设置,静电势由Multiwfn自己的代码计算或者调用cubegen计算。Antechamber计算RESP电荷时是从Gaussian的pop=MK IOp(6/33=2) IOp(6...