(A) reporter score算法的说明:(1)原始方法论文中报告代谢物的计算过程,(2)本文调研的文章中微生物功能富集的计算过程。在条形图中,红色表示reporter score为正数,蓝色reporter score为负数。(B)模拟数据每个通路中的KOs的P值分布情况以及其对应的reporter score。其中KOs用点表示,虚线表示P= 0.05。(C)图中展示了...
主要结论是reporter score算法(上述)是一种忽略通路中KOs上/下调节信息的富集方法,直接将reporter score的符号视为通路的调节方向是不正确的。 但是我们应该可以将其改为能够考虑通路内KO上下调的方式,我称为directed 模式, 参考自https://github.com/wangpeng407/ReporterScore。 具体步骤如下: 使用Wilcoxon秩和检验...
ReporterScore包使用差异丰度分析或相关性分析计算组间每个特征的P值。Kruskal–Wallis检验或ANOVA评估特征丰度是否在多个组之间显著变化。默认的相关性分析将组分配视为有序的(例如,组‘G1’、‘G2’和‘G3’将转换为1、2和3),因此相关性分析可以评估特征丰度是否呈线性增加或减少。此外,ReporterScore包还支持任何...
(A) reporter score算法的说明:(1)原始方法论文中报告代谢物的计算过程,(2)本文调研的文章中微生物功能富集的计算过程。在条形图中,红色表示reporter score为正数,蓝色reporter score为负数。(B)模拟数据每个通路中的KOs的P值分布情况以及其对应的reporter score。其中KOs用点表示,虚线表示P = 0.05。(C)图中展示...