GRSA的另一个主要优势是支持多组和纵向组学数据。ReporterScore包使用差异丰度分析或相关性分析计算组间每个特征的P值。Kruskal–Wallis检验或ANOVA评估特征丰度是否在多个组之间显著变化。默认的相关性分析将组分配视为有序的(例如,组‘G1’、‘G2’和‘G3’将转换为1、2和3),因此相关性分析可以评估特征丰度是否...
ReporterScore还提供了其他丰富方法,如KO_fisher(fisher.test)、KO_enrich(fisher.test, fromclusterProfiler)、KO_gsea(GSEA, fromclusterProfiler),输入数据来自reporter_score,并且也支持自定义数据库,因此你可以轻松比较各种富集方法的结果并进行全面分析: data("KO_abundance_test")reporter_score_res2=reporter_score...
指标|建立模型来估计婴儿在4个月大时的四项指标:年龄的体质量Z评分(Weight-for-Age Z Score,WAZ),年龄的身长Z评分(Length-for-Age Z Score,LAZ),年龄的体脂率Z评分(BMI-for-Age Z Score,BAZ),和年龄的头围Z评分(Head Circumference-for-Age,HCZ)。 分组|LPF组(乳清蛋白),LPFA组(含有添加成分的乳清蛋白...
,即为每条代谢通路富集的Reporter score值,在这种模式下,Reporter score是方向性的,更大的正值代表显著上调富集,更小的负值代表显著下调富集。 但是这种方法的缺点是当一条通路显著上调KO和显著下调KO差不多时,最终的Reporter score绝对值可能会趋近0,成为没有被显著富集的通路。 Rpackage 因为我看目前没有现成的工具...
2.输入文件有两个 不同样本K号的丰度表 样本分组表 ./tsv-utils view-c 输入文件1|\./tsv-utils trim-0|\./tsv-utils groupline-r 输入文件2-|\./rscore-tk ttest-p1-BasaltChalk|\./rscore-tk bh-|\./rscore-tk zscore-|\./rscore-tk rscore path_stat_KO.xls-|\./tsv-utils view-c-...