则指的是GWAS关联检测中的reference allele (non-risk 或者 non-effect),也就是效应量beta(或odds ratio)估计时的参考,概念上与上述ref与alt的组合无关,但为了保持统一性,近年来研究中关联检验的reference 也会与 reference genome保持一致,以避免混淆等。
alternative (alt) allele是effect allele reference (ref) allele是other allele
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息? 当两个vcf文件合并,位置(CHR+POS)相同...
##3K位点由于是plink1.9转化而来,ref和alt可能发生了调换,需要纠正过来方能合并。比如下面的错误是由于3k.overlap.vcf.gz中的1:715297位点REF和ALT对应的G和A 反了。 $ bcftoolsmergearray.vcf.gz3k.overlap.vcf.gz-Oz-o merge.vcf.gz TheREFprefixes differ: G vs A (1,1) Failedtomergeallelesat1:715297...
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息?
alt.remove(not_seen.pop())iflen(alt) >1: alt = [alt[0]] alleles = [ref] + altiflen(genotype) ==1: genotype = [genotype[0]] *2alt =",".join(alt)or"."if"D"ingenotypeor"I"ingenotype: max_allele = max((len(x), x)forxinalleles)[1] ...
上海玉博生物科技有限公司 主要致力于“Anti-APEX1/Ref-1(redoxfactor-1) 氧化还原因子1抗体 yb-1406R”的生产销售。多年的“Anti-APEX1/Ref-1(redoxfactor-1) 氧化还原因子1抗体 yb-1406R”生产与销售的经验,与各行业新老用户建立了稳定的合作关系,我公司
22 allelebiotech 美国 一级经销 23 Alpha Diagnoestic International 美国 一级经销 24 alsachim 法国 一级经销 25 Ambergen 美国 一级经销 26 American MasterTech 美国 一级经销 27 American Peptide Company, Inc. 美国 一级经销 28 AMS Biotechnology 英国 一级经销 29 Analytical Services 美国 一级经销 30 ...
它是这些词的假设来源或其存在的证据:希腊语 aldaino "使生长,增强", althein、althainein "恢复健康"; 拉丁语 alere "喂养,滋养,哺乳; 抚养,增加", altus "高",字面意思是“长高的”, almus "滋养的,滋养品", alumnus "养子,继子"; 哥特语 alþeis 、荷兰语 oud,德语 alt "老的"; 哥特语 alan...
不太清楚是不是.vcf格式的文件 如果不是可以liftover转换成vcf格式的文件 该有的都会有 ...