则指的是GWAS关联检测中的reference allele (non-risk 或者 non-effect),也就是效应量beta(或odds ratio)估计时的参考,概念上与上述ref与alt的组合无关,但为了保持统一性,近年来研究中关联检验的reference 也会与 reference genome保持一致,以避免混淆等。
1 人赞同了该回答 alternative (alt) allele是effect allele reference (ref) allele是other allele 发布于 2023-09-23 23:28・IP 属地吉林 AI 总结 在ukbiobank中下载的SNP数据里,ref和alt哪个是effect allele? 已引用 8 位答主的内容 查看AI 回答 1 如何评价视频《县中学生现状:每天在校超 17 小时,...
alternative (alt) allele是effect allele reference (ref) allele是other allele
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息? 当两个vcf文件合并,位置(CHR+POS)相同...
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息?
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息?
alt.remove(not_seen.pop())iflen(alt) >1: alt = [alt[0]] alleles = [ref] + altiflen(genotype) ==1: genotype = [genotype[0]] *2alt =",".join(alt)or"."if"D"ingenotypeor"I"ingenotype: max_allele = max((len(x), x)forxinalleles)[1] ...
BD在市场推出的产品包括三大部分:医疗产品、诊断产品和生物科学产品。 REF-1 MAB 50UG 15, 玉博生物商城|www.ybiotechmall.com 产品留言 标题 联系人 联系电话 内容 验证码 点击换一张 注:1.可以使用快捷键Alt+S或Ctrl+Enter发送信息!2.如有必要,请您留下您的详细联系方式!
它是这些词的假设来源或其存在的证据:希腊语 aldaino "使生长,增强", althein、althainein "恢复健康"; 拉丁语 alere "喂养,滋养,哺乳; 抚养,增加", altus "高",字面意思是“长高的”, almus "滋养的,滋养品", alumnus "养子,继子"; 哥特语 alþeis 、荷兰语 oud,德语 alt "老的"; 哥特语 alan...
不太清楚是不是.vcf格式的文件 如果不是可以liftover转换成vcf格式的文件 该有的都会有 ...