3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块 二、原子描述符可视化 1.原子partial charge可视化 2.原子logP可视化 一、描述符计算模块 1.rdkit.Chem.Lipinski模块 rdkit中提供了许多描述符的计算方法,可用于分子筛选、成药性评估等。以lipinski类药的相关规则为例,可以通过rdkit.Chem.Lipinski模块进行计算。常用的...
几乎等同于Ar / HA的描述符是芳族比(ARR) 芳族比率=分子中芳族键的数目 / 键总数(不包括涉及氢的键) 该描述符着重于键的数量,而不是诸如Ar / HA的原子数。 芳香环数:NAR,AROM 芳环的数目也是经常用来表示芳族性的分子描述符: 苯有一个环 2萘 三蒽 每个稠密的环结构被计为环数。 随着芳环数目的增...
print(f’{desc}: {descriptors[desc]}’)这个例子中,我们使用 rdkit 从 SMILES 字符串构建了一个简单的有机分子,然后使用 mordred 的 Calculator 来计算该分子的 Lipinski 规则参数和 QED 描述符。最后,我们打印出所有计算出的描述符。请注意,这只是一个简单的示例。在实际应用中,你可能需要处理更复杂的分子和...
对于目标分子，RDkit提供了一系列描述符。首先，你可以查阅rdkit.Chem.Descriptors模块，获取所有描述符的名称。批量计算时，只需将代码中的单个分子部分替换为for循环，遍历你的分子列表。单个分子描述符的计算，例如LogP，可以通过导入相应模块直接调用。对于Mordred，它是一个基于RDKit的扩展库，包含了1826...
分子描述符在化学研究中扮演着关键角色，它们用于量化和预测分子性质。本文聚焦于化合物芳香度的描述符，这是药物发现研究中的重要指标。芳环引入分子变得日益容易，但含有多个芳环的化合物在物理性质上并不总是理想。因此，精确计算化合物的芳香度变得至关重要。多种描述符已被提出以评估这一特性。芳香...
一、描述符计算模块 1.rdkit.Chem.Lipinski模块 2.rdkit.Chem.Descriptors模块 3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块 二、原子描述符可视化 1.原子partial charge可视化 2.原子logP可视化 一、描述符计算模块 1.rdkit.Chem.Lipinski模块 rdkit中提供了许多描述符的计算方法,可用于分子筛选、成药性评估等。
表示芳香度的描述符的定义和性质 如何使用RDKit计算 芳香指标:Ar / HA,AP 引入芳香指数作为代表“化合物芳香度”的值 芳香指数=芳香原子数(AP)/原子总数(HA) HA是重原子 芳香比:ARR 几乎等同于Ar / HA的描述符是芳族比(ARR) 芳族比率=分子中
在rdkit.Chem.Descriptors module可以找到所有的描述符名字。 Mordred分子描述符 Mordred是基于RDKit使用里面的工具建的一个扩展版的描述符库,扩展准备了1826个分子描述符计算函数,具体的list以及介绍可以在以下找到。 安装的话就pip install mordred 对于单个分子计算所有的描述符。注意下mordred对于有些无法计算的描述符...