基于ZIF-8的轨迹文件计算RDF,共采用了10帧的轨迹数据: import numpy as np from numpy import sqrt import matplotlib.pyplot as plt def wrap(dx, region): if dx > 0.5*region: dx -= region elif dx < -0.5*region: dx += region return(dx) num_frame = 10 cutoff = 10 num_bin = 100 dr ...
rdf又称g( r ),rdf的计算与输出通过以下命令计算输出: 1 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2... 2 fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2... keyword args... 其中,Nbin类似于切片数,数也多,可能曲线会更连续,光滑,但过多会影响计算效率。一般2...
运行python脚本,指定ADF的输出文件及要画的轨道: python RDF_analysis.py filename orbital pythonRDF_analysis.pyout.Os5d 脚本运行结束,会产生相应的RDF数据文件,可导入到画图软件中作图。 RDF计算公式: 脚本下载 https://jonyafei.github.io/2021/06/07/Python%E8%84%9A%E6%9C%AC%E8%AE%A1%E7%AE%97RDF...