无论是RDA分析还是CCA分析，都需要两个数据框（data.frame）[已经对行名和列名进行了定义，行名为样方，列名为物种变量或者环境变量]，分别是环境因子数据和物种数据。我们面临的第一问题是如何选择这两种排序分析，曾经有人建议使用vegan包里面的decorana函数来判断是选择RDA还是CCA。具体的，通过运行该函数，如果前4...
无论是RDA分析还是CCA分析,都需要两个数据框(data.frame)[已经对行名和列名进行了定义,行名为样方,列名为物种变量或者环境变量],分别是环境因子数据和物种数据。 我们面临的第一问题是如何选择这两种排序分析,曾经有人建议使用vegan包里面的decorana函数来判断是选择RDA还是CCA。具体的,通过运行该函数,如果前4个轴的...
PCA、PCoA和NMDS分析属于非约束性排序分析,而RDA/CCA和db-RDA分析属于约束性排序分析,即分别是在环境因子的约束条件下进行的PCA和PCoA分析。因此,一般主要利用PCA、PCoA或NMDS分析进行样本比较,反映样本间菌群结构的相似性和差异性,从而分析组间样本能否明显区分开;而RDA/CCA和db-RDA分析则多用来阐述环境因子对样本菌...
解析 那是总变异!前面1、2、3、4四个轴共解释了99.2%的变异 结果一 题目 RDA和CCA分析中环境因子和物种相关性达到1是什么意思?下图如何分析 答案 那是总变异!前面1、2、3、4四个轴共解释了99.2%的变异相关推荐 1RDA和CCA分析中环境因子和物种相关性达到1是什么意思?下图如何分析 反馈 收藏 ...
脚本和数据链接:https://github.com/linhesun/bilibiliRlearning/tree/master/20210306 感谢网友 bili_59273613733 提供自己的数据。 bili_59273613733让我管他叫“某位菜鸡网友”,真是乐于自嘲的朋友。知识 校园学习 教程 RDA分析 CCA分析 CCA RDA R语言
通过同时做RDA和CCA我们发现,在RDA中环境因子对物种分布的解释量更高。 对结果的解读: constrained(约束)指自变量(环境)矩阵能对因变量矩阵(物种)的整体解释量,如RDA分析中的79.97%和CCA分析中的69.20%。 unconstrained(非约束)指还剩下的没有被解释的部分,如RDA分析中的20.03%和CCA分析中的30.80%。
那是总变异！ 前面1、2、3、4四个轴共解释了99.2%的变异
CCA分析 CCA RDA R语言 10:16 Toto_Wolff 19380 14:13 冗余分析 (RDA) OriginPro软件官方 3.2万20 开泰生物_生信云_CCA(RDA)分析绘图演示 KTBio 4320 12:42 R语言排序分析(限制性排序、非限制性排序):主成分分析(PCA)、冗余分析(RDA)、主坐标分析(PCoA)、对应分析(CA)、典型范例分析(CCA) ...