上面两个图分别代表了PCA的分析原理和PCoA的分析原理,不同之处是PCA是基于OTU table也就是基于欧式距离,而PCoA是基于两两样品之间的距离矩阵(前面提到的除欧式距离以外的其他距离矩阵),如果PCoA 也使用欧式距离矩阵的话,那么PCA和PCoA的分析结果是一样的。 另外,PCoA是基于距离矩阵,它的排序的目的是将N个样品排列...
P127 LDA和逻辑回归的 logP(G=k|X=x)P(G=K|X=x) 形式都是 X 的线性函数,区别在于系数估计的方式不同。LDA是生成模型,逻辑回归是判别模型。用的是不同的极大似然 P128 LDA显示建模边缘分布 P(X) ,可以得到更多参数信息,所以方差更低。如果真实数据 fk(x) 就是高斯分布,则在只是用条件概率进行估...