hello,上一篇文章中,10X空间转录组数据分析之空间注释(解卷积,STdeconvolve)中提到了单细胞空间联合的分析方法,SPOTlight,RCTD,其中SPOTlight已经分享过了,今天加把劲,把单细胞空间联合的分析方法RCTD也分享给大家,供大家认真学习和参考。 RCTD方法的文章Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics...
文献解读:10X单细胞空间联合分析之十(RCTD) https://www.jianshu.com/p/92a6df0dcb1b RCTD可以将单细胞类型或细胞类型混合分配到空间转录组spots上。RCTD 有三种模式: doublet mode:它为每个Spot分配1-2种细胞类型,推荐用于高空间分辨率的技术,如Slide-seq和MERFISH full mode:它为每个Spot分配任意数量的细胞...
SPOT去卷积的分析目的在于,整合单细胞表达数据通过反卷积方法估计空间转录组中每个Spot样本点的细胞类型比例。 (图片来源:https://www.10xgenomics.com) SPOT去卷积的可选算法很多,如:RCTD, SPOTlight, Stereoscope, STRIDE, Cell2location, spatialDWLS, NMFreg, CCA, DSTG, Giotto, DestVI, STdeconvolve, Tangram...
## load libraries library(arrow) library(Seurat) library(spacexr) FlexOutPath <- "~/AggrOutput/outs" # Path to cellranger aggr output folder ColonFlex.data <- -Read10X_h5(paste0(FlexOutPath,"filtered_feature_bc_matrix.h5")) ## Load Reference Data FlexRef<-Read10X_h5(paste0(FlexOutPa...
最近的粉丝我发现都很有钱啊,HD、Xenium项目都上了,都开始问我HD需不需要整合这样的问题了。以及HD需不需要解卷积的问题。我们这一篇就来回答一下这个分析。 关于整合的分析,公司内部在开流程架构会议的时候,深入讨论过,关于Xenium没什么争议,毕竟做了细胞分割、注释之后直接就在空间上定位到细胞类型了,这个时候整合...
探索空间转录组的解密钥匙：SPOT去卷积—RCTD的深度解析 在生物信息学的前沿领域，空间转录组分析正挑战着我们对细胞类型和组织结构的理解。10X Visium平台的一大挑战在于每个测量点的复杂性，它可能隐藏着多细胞的复杂表达模式。而单细胞转录组虽然提供了细胞级别的分辨率，但在制备过程中却不可避免地丢失了...
sce_s<-Load10X_Spatial(data.dir="./RawData/GSE6716963/",filename="GSM6716963_19G081_filtered_feature_bc_matrix.h5")# reference sc_dataset<-qread("sc_dataset.qs") 2.数据预处理 代码语言:javascript 复制 # 过滤 sce_s<-subset(sce_s,nCount_Spatial>5000)sce_s<-subset(sce_s,nCount_Spat...
resultsdir <- '../../../spacexr/data/Reference/10xCer/de_simulation' common_cell_types <- c('Bergmann', 'Purkinje') n_cell_types = length(common_cell_types) trials = 77 210 changes: 13 additions & 197 deletions 210 AnalysisRCTDE/Figures/figure2.html Load diff Large diffs are ...
('data/Reference/10xCer/scRefSubsampled1000.RDS') merge_puck <- function(puck1, puck2) { m_puck <- puck1 gene_list <- intersect(rownames(m_puck@counts), rownames(puck2@counts)) name_overlap <- intersect(rownames(m_puck@coords), rownames(puck2@coords)) if...
老公最好L 9月16日 10:21来自iPhone XR #王一博的redmi 10x#wyb#王一博redmi手机品牌全球代言人# @Redmi红米手机 @UNIQ-王一博独家幕后视频 第一弹重磅来袭! 喜欢这种酷酷的Vlog混剪风吗?#王一博的Redmi 10X#多彩性能轻旗舰,你最喜欢哪个颜色? 关注+转发,抽送 1 部代言人签名手机 ...