Phylosuite 也可以用 FastTree 批量建树直接导入 ASTRAL,不过 FastTree 可能不如 RAxML 准确,用 Phylosuite 里面的 RAxML 也可以,但是基因数目较多,很费内存和时间。 ##1. conda 安装 raxml-ng conda install -c bioconda raxml-ng ###查看帮助 raxml-ng -h RAxML-NG v. 1.2.1 released on 22.12.2023 by T...
raxml-ng: /opt/conda/conda-bld/raxml-ng_1626880669841/work/libs/pll-modules/src/tree/utree_distances.c:790: _cmp_splits: Assertion `limit' failed. Aborted (core dumped) This was after running the command: raxml-ng --msa alignment_ps_otu_99percent_filtered.fasta --model GTR+G --seed ...
3.1 安装 conda install-c bioconda raxml-ng 3.2 使用 第一步:检查比对后的序列MSA是否可以读取(MSA可以使用FASTA、PHYLIP格式) raxml-ng --check --msa prim.phy --model GTR --prefix T1 注:这一步骤还会给出哪些序列是相同序列(推荐执行) 第二步:构建核苷酸树(模型GTR,1000次自检值抽样) raxml-ng --...