mluciavaii用stacks软件提供的processradtags程序对测序公司返回的数据进行拆包发现processradtags并不支持avaii限制性内切酶查看processradtags的使用手册该软件支持的内切酶列表如下 stacks 拆包 RAD-seq 过... 酶切实验一共进行了 7 组实验,并通过凝胶电泳检测结果,同时, 最终得出最佳酶切组合为:MluCI + AvaII,...
rule ref_based:input: REF_BASED_LOCI, REF_BASED_CATA, REF_BASED_MATS# de novo data analysis## The unique stacks program will take as input a set of short-read sequences## and align them into exactly-matching stacks (or putative alleles).rule ustacks:input:"01-clean-data/{sample}.fq....
其中，Stacks因其可以适⽤各种类型的RADseq数据⽂件，获得更多的输出⽂件格式，更为⼴阔的适应性⽽被研究⼈员⼴泛使⽤，成为⽬前最为主流的RADseq分析软件。⽽pyRAD的优势在于其可以进⾏Small_InDel的检测和注释。TASSEL的优点在于其分析操作相对简单，有可视化窗⼝，并且可以进⾏PCA分析，LD分析...
利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gbcleandata,总Tags数2788927(reads),平均每个种原始数据都在10M以上,Tags都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用Stacks软件对15个种进行比对,获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分...
Here, we present a protocol to analyze RAD-seq data using the Stacks pipeline. This protocol will be of use in areas such as ecology and population genetics. It covers the assessment and demultiplexing of the sequencing data, read mapping, inference of RAD loci, genotype calling, and ...
RAD-seq 技术在基因组研究中的现状及展望 王洋坤, 胡艳, 张天真 南京农业大学, 作物遗传与种质创新国家重点实验室/教育部杂交棉创制工程研究中心, 南京210095 摘要: Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术...
要利用Linux操作该系统…你用stacks的话，那就是没有参考了？这个基本不涉及编程，你直接用stacks的软件...
应用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)检测白洋淀和微山湖野生莲多样性 第４９卷第１１期 东 北 林 业 大 学 学 报 Ｖｏｌ．４９Ｎｏ．１１ ２０２１年１１月ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＮＯＲＴＨＥＡＳＴＦＯＲＥＳＴＲＹＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＮｏｖ．２０２１ １）上海市绿化和市容管理局...
NOTE!: stacks_workflow no longer supports STACKS1. For the latest version of stack_workflow that does, find v2.5.2_last_version_supporting_STACKS1 in the releases on the stack_workflow GitHub page. Warning!: this software is provided "as is", without warranty of any kind, express or impli...
Lost in parameter space: a road map for stacks 1.Restriction site-Associated DNA sequencing (RAD-seq) has become a widely adopted method for genotyping populations of model and non-model organisms. Gene... JR Paris,JR Stevens,JM Catchen - 《Methods in Ecology & Evolution》 被引量: 21发表...