这类方法包括DNA:RNA in vitro enrichment(DRIVE)【8】和R-loop chromatin immunoprecipitation(R-ChIP)【11】。R-ChIP需要首先获得稳定表达RNaseH的细胞系,这在很多疾病细胞中并不容易获得,因此解决这些问题并开发精确高效的R-loop检测方法非常重要。 近日...
通过与其他R-Loop定位方法比较发现,R-Loop CUT&Tag不仅能捕获到更加强烈R-Loop信号,而且能捕获到基因间区域和增强子上的瞬时R-Loop信号。该研究进一步引入了随机片段化基因组技术,改良了之前DRIPc-seq方法在片段化过程中的偏好性问题,...
在众多生物体中发挥着重要的生物学功能.生物体内有众多调控因子通过调节R-loop的稳态来影响各水平的基因组调控事件,如转录,复制,DNA损伤及修复等.近年来,随着R-loop的检测技术日益成熟,越来越多的R-loop生物学新功能正在被发现.本文归纳比较了不同的R-loop检测方法,并对植物R-loop生物学功能研究进展进行了重点阐述...
CellReports|一种更精确高效检测Rloop的方法R-loop是生物体在转录过程中形成的特殊的三链核酸结构,转录过程中新合成的RNA链与模板DNA链互补配对,形成的DNA:RNA杂合双链与非模板DNA链一起被称为R-loop【1】。R-loop在生物体内普遍存在,并参与了许多生物学过程,例如转录过程、DNA复制、基因组不稳定性以及染色体重排...
来自清华大学生科院,清华-北大生命科学联合中心的研究人员发表了题为“The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome”的文章,首次报道了精准、高效、高通量检测R-loop的方法,并利用此方法首次揭示模式植物拟南芥基因组中R-loop的分布特征。
为了进一步获取体内真实的R-Loop信号,避免严苛的基因组提取和限制酶消化过程造成可能的R-Loop信号损失,该研究结合GST-His6-2xHBD/S9.6与CUT&Tag技术,通过实验条件的优化和文库构建方法的改进,建立了捕获基因组原位R-Loop的R-Loop CUT&Tag方法。 Loop CUT&Tag分析发现GST-His6-2xHBD与S9.6抗体在原位捕获的R-...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...