然后,让我们打开Rstudio,开始安装一些必须的包,这里推荐一款ggplot2一键绘图神器,ggpubr(http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/)。这个包是在ggplot2的基础上,整合了很多绘图函数,对用户十分友好。另外需要用到的一个包围ggthemes,这个包整合了很多ggplot2的绘图主题,对科研人员...
p<-ggplot(data,aes(x=log2FoldChange,y=log10p))+ geom_point(aes(color=status,size=abs(log2FoldChange)),alpha=0.7)+ scale_color_manual(values=c("Up-regulated"="red","Down-regulated"="blue","Not Significant"="grey"))+ theme_minimal()+ labs(title="Volcano Plot of Simulated Clinical ...
第一列是基因名,第二列是计算好的log2FoldChange(通常我们用DESeq等软件分析得到的结果里包含这一个值),第三列是pvalue,第四列是校正后的p即padj。如果你已经确定要画pvalue或者padj那只要三列即可。 2)如何作图 绘图工具是来自“ggplot2”包,事实上能够做火山图的方...
(data$log2FoldChange)>1,"Yes","No")# 绘制火山图ggplot(data,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(pvalue),color=significant))+geom_point(alpha=0.7)+theme_minimal()+labs(title="Volcano Plot",x="Log2 Fold Change",y="-Log10 P-value")+scale_color_manual(values=c("grey","red"))+theme(...
library(ggplot2) library(ggrepel) library(openxlsx) ###导入数据### remove(list = ls()) #清除 Global Environment getwd() #查看当前工作路径 setwd("C:/Rdata/jc") #设置需要的工作路径 list.files() #查看当前工作目录下的文件 data = read.xlsx("volcano.xlsx",sheet= "单组火山图1",sep=',...
library(ggplot2) library(dplyr) library(readxl)# 导入数据data <- data.frame(read_xlsx("volcano vip.xlsx"))# 设置阈值cut_off_pvalue = -log10(0.05)cut_off_logFC = 0cut_off_VIP = 1 #VIP值的阈值data$P.value <- -log10(data$P.value[])# 根据阈值给数据分类,并作为额外一列添加在数据...
> # 如向量 x 中元素值大于0,等于0和小于0,分三种情况做转换 > y [1] 5 19 0 -13 -40 > 参考资料 [1] ggplot 与火山图:https://www.tanboyu.com/ggplot2-for-volcano.html [2] R 语言 ifelse() 函数使用:http://www.biye5u.com/article/R/2017/6352.html...
R 语言有非常多的绘图和数据可视化的包,比如 graphics 、 lattice 、 ggplot2 等。这是 R 语言系列的第 9 篇文章,我们会介绍 R 中用来绘图的各种函数。 本文使用的 R 是 4.1.2 版本,运行环境为 Parabola GNU/Linux-libre (x86-64)。 $ R--version ...
volcano_plot_enhanced(DEG,y_increased = 15,labs = "Proteins",logFC_Value = 1.2)2.5 改变显...
火山图(Volcano plot)是一种将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因等)的散点图,因图形与火山喷发相似而得名。 加载数据 数据主要由三行构成——基因名称列、Log2FoldChange(差异倍数)、pvalue(p值)。 # 读取数据 ...