highlight_entities('hsa04151', int, fill_color= 'blue') #若目标基因对应数值向量(如Log2FC等),可使用连续型色板: ints<- c(-2,2,4,6,8) |> setNames(int) ints highlight_entities('hsa04151', ints) + scale_fill_viridis # 02 将差异分析结果映射到目标KEGG通路 #载入DESeq2差异分析结果...
ggplot(Rdata, aes(x=year,fill=grou,y=yval)) + geom_chicklet( radius = grid::unit(3, "pt"),#控制圆角大小 alpha=0.75 )+ theme_ipsum()+ scale_fill_jama()+ #scale_fill_viridis(discrete=TRUE,option = "D")+ theme( plot.title = element_text(hjust = 0.5,vjust = 1,size = 15),...
y="发病数")+scale_fill_viridis(discrete=TRUE,option="F") 关于该函数中的其他参数如type、gap、bricks_per_layer、brick_layers等在我们绘图过程中大家使用默认参数即可,对于我们绘图影响不大。 好啦,今天的介绍就到这里了,喜欢的话,记得分享给需要的人哦! http://weixin.qq.com/r/bROXj_jEx7W4razs90Z-...
总之,viridis系列的配色对色盲会比较友好。 viridis能和ggplot完美结合使用: 离散颜色可用scale_color_viridis() ;连续颜色可用scale_fill_viridis()。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # link:https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/vignettes/intro-to-viridis.html # 安装 install....
scale_fill_continuous(..., type=getOption("ggplot2.continuous.fill")) 该方法使用options()来确定默认设置。其中ggplot2.continuous.fill是连续色标的默认值。 scale_fill_continuous方法的参数可以是Viridis或gradient。让我们试试这个方法的一个例子。
连续填充色设置函数还有scale_fill_gradient,scale_fill_gradient2和 scale_fill_gradientn,其中scale_fill_gradient的用法和作用和scale_fill_continuous完全相同(其实ggplot2早期版本连续颜色标尺默认使用scale_fill_gradient,没有scale_fill_continuous函数;后者可能是H.W头脑清楚以后加进去的,相当于前者的别名)。scale_...
scale_fill_continuous(..., type = getOption("ggplot2.continuous.fill")) 该方法使用 options() 来确定默认设置。其中 ggplot2.continuous.fill 是连续色标的默认值。 scale_fill_continuous 方法的参数可以是 Viridis 或gradient。让我们试试这个方法的一个例子。 首先,加载 ggplot2 包并创建 ggplot 图表。
# Matplolib 'viridis' color map # also designed to be perceived by readers with the most common form of color blindness #scale_fill_viridis函数来源于此包, # 其参数 option用于设置颜色 "magma" (or "A"), "inferno" (or "B"), "plasma" (or "C"), ...
使用scale_size()修改散点的大小范围; 使用viridis 包中的配色样式scale_fill_viridis(); 使用theme(legend.position = )修改图例位置。 参考资料 [1] GitHub - marco-meer/scifig_plot_examples_R: Scientific publication figure plotting examples with R:https://github.com/marco-meer/scifig_plot_examples_...
ggplot(df, aes(x=SOD,y=tau,fill=Class)) + geom_point(shape=21,size=3,colour="black",stroke=0.25) + scale_fill_viridis(option = "plasma",discrete =TRUE)+ theme( text=element_text(size=14,color="black"), plot.title=element_text(size=14,family="myfont",face="bold.italic",hjust=...