首先,先让大家通过一篇我们之前写的文章,回顾一下 VCF 格式 文件的一些基本信息内容 VCF 格式回顾。 使用 R 处理 VCF file 回顾完之后,就正式进入今天的主题。如何使用 R 处理 VCF file。 工欲善其事,必先利其器。处理 VCF file 也一样,只要选取恰当的 R 包,这并不是什么难事。接下来主要讲解运用 ...
利用R包中reavcf的function读取用于测试的vcf文件 vcf<-readVcf('/home/ricky/Downloads/CEU.exon.2010_03.genotypes.vcf') vcf 结果: > vcf class: CollapsedVCF dim: 3489 90 rowRanges(vcf): GRanges with 5 metadata columns: paramRangeID, REF, ALT, QUAL, FILTER (VCF中包括的tag) info(vcf): D...
dna <- ape::read.dna(dna_file, format = "fasta") 1.4 读取gff格式的注释文件 gff <- read.table(gff_file, sep="\t", quote="") 当这些数据被读取到内存的时候就可以开始对染色体名字或者其它一些东西进行修改了。由于vcfR更擅长对的单独染色体进行分析,所以当你的基因过大或者有很多样本的时候,建...
在R里面玩转vcf文件 看到一个成熟的R包,所以推荐一下 /vcfR_documentation/ /web/packages/vcfR/vignettes/intro_to_vcfR.html 最重要的使用方法,当然是读入vcf文件啦,如下: library(vcfR) vcf_file='/Users/jmzeng/germline/merge.dbsnp.vcf' vcf <- read.vcfR( vcf_file, verbose =FALSE) 十几秒钟就...
I have this VCF format file, I want to read this file in R. However, this file contains some redundant lines which I want to skip. I want to get something like in the result where the row starts with the line matching #CHROM. This is what I have tried: chromo1<-try(scan(myfile...
在R里面玩转vcf文件 看到一个成熟的R包,所以推荐一下 https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ https://cran.r-project.org/web/packages/vcfR/vignettes/intro_to_vcfR.html 最重要的使用方法,当然是读入vcf文件啦,如下: library(vcfR)vcf_file='/Users/jmzeng/germline/merge.dbsnp.vcf'vcf<-read....
setwd("~/vcfdata/") #读取文件 #下载vcfR包 install.packages("vcfR") 03 读取数据 #读取VCF文件,我这里下载了IEU数据库数据 data <- vcfR::read.vcfR("ieu-a-1055.vcf.gz") #如注释文件所示,ES代表beta值、SE代表se、LP代表-log10(P值)、AF代表eaf、“ID”代表SNP的ID ...
2.设置路径(.vcf格式文件所在文件夹) setwd("/Users/bcl/Desktop/structure/variant") 3.生成.vcf文件的列表 myvcffile=list.files(pattern="*.vcf") 4.将列表中文件读入环境空间并以文件名作为变量名 list2env(lapply(setNames(myvcffile,make.names(gsub("*.vcf$","",myvcffile))),read.table,header...
vcf<-read.vcfR("pinf_sc50.vcf.gz") 可以通过@符号获取meta、fix、gt三部分数据 代码语言:javascript 复制 vcf@meta vcf@fix vcf@gt 另外一些操作数据的操作 代码语言:javascript 复制 queryMETA(vcf,element="AD") getFIX(vcf)[1:2,1:7] vcf@gt[1:5,1:7] gt<-extract.gt(vcf,element="GT"...
vcf 进行处理。处理 VCF 格式软件主要包括 bcftools，vcftools，gatk，python pyvcf，plink 等。