h5格式可直接使用Read10X_h5函数读入,多样本的批量读入可能稍微麻烦点,可以选择使用lapply函数批量读入目录下所有h5,返回list先merge再创建Seurat对象。 01 单样品读入 这里我们以GSE237611为例,点击custom展开文件,勾选h5格式将其下载到本地。 #使用Read10X_h5函数读入: rm(list = ls) count<- Read10X_h5('GSE2...
HDF5格式可以使用Read10X_h5()函数读入表达矩阵,再创建Seurat对象 「示例数据:GSE138433」 setwd("D:/bioinformatics/scRNA-seq/1. Sample Read & Merge") library(Seurat) # 读取单个文件 dat <- Read10X_h5(filename = "./GSE138433_RAW/GSM4107899_LH16.3814_raw_gene_bc_matrices_h5.h5") dim(dat)#[...
data = Read.table(‘data.csv’) :把文件读进一个数据框变量data中 mtx = data.matrix(data):把data转变成矩阵 dotchart(mtx)用矩阵的数据画点图 结果如下: 接下来用python来做一遍同样的事情,我们之前了解到,使用R实例可以直接访问R对象,还可以直接调用R的函数,其实在Python看来,对象和函数是相同的东西,函...
FQ1 /path/to/read_1.fq.gzFQ2 /path/to/read_2.fq.gz## Flu info file 荧光解码文件路径FLU /path/to/flu_info.txt## AllheStat.py 组织识别参数HE /path/to/HE.tif #HE 染色图片 ,和组织荧光图片至少给一个#INSIDE 0 #是否对组织内部空白进行识别,0不识别,1识别...
运行 AI代码解释 all_data=sc.read_h5ad("./GSE222427/GSM6923183_MC_scRNA.h5ad")all_data all_data.var.head()cellinfo=all_data.obs cellinfo=all_data.obs geneinfo=all_data.var mtx=all_data.X# 保存 cellinfo.to_csv("cellinfo.csv"
就是sparse_matrix.mtx文件会导致报错: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 Errorinscan(file,nmax=1,what=what,quiet=TRUE,...):scan()expected'an integer',got'2178171554'Calls:readMM->scan1->scan Execution halted==>inputs/sparse_matrix.mtx<==%%MatrixMarket matrix coordina...
no.readonly=TRUE:生成当前图形参数列表。 #修改点的符号 opar <- par(no.readonly = TRUE) par(lty=2,pch=17) plot(dose,drugA,type = "b") par(opar) #另一种方法: plot(dose,drugA,type = "b",lty=2,pch=17) 3.3.1 符号和线条
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offset <- readBin(idxCon, 'integer') seek(con, offset) d <- readBin(con, 'integer', 2) type <- readBin(con, 'character', 1) structure(readBin(con, type, prod(d)),dim=d) } mtx <-list(matrix(1:12,4), matrix(sin(1:12),4)) ...
README SCENIC 分析 转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组,与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录因子可以调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节特定的转录阶段,调控诸多生命进程,诸如免疫反应、发育模式等。因此,分析转录因子表达及其调控...