打开R环境: 首先,确保你已经打开了R或RStudio环境。 在R环境中执行安装命令: 在R的命令行界面中输入以下命令来安装presto包: R install.packages("presto") 这个命令会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)上下载并安装presto包。 验证presto包是否成功安装: 安装完成后,你可以通过以下命令来验证presto包是否成...
高级绘图包(注意与基础绘图包的高级绘图函数是两码事儿),包括ggplot2包、maps包、曼哈顿图等。这些包需要额外安装、加载,且必须与R的版本相匹配,也可能互相依赖,故经常出现版本不可用的问题。最新版的R可能已经自带一些高级绘图包,但不全。你也可以开发一个新的、风靡学界的高级绘图包,并留上你的名字等印记,顺带...
使用Seurat包的FindAllMarkers函数获取,按照p-value进行筛选后,使用logFC进行排序。由于涉及未发表数据,仅选取部分作为展示使用。 3 解决方案:补丁 计算时间过长,我想这是R的硬伤。所以,基于C++的Presto[2]便是一个不错的解决方案,这是一个用于加速Marker基因寻找的不错的工具,但是Seurat V4并没有纳入它,不过目前...
配置完相关信息,则下载presto-cli-0.56-executable.jar,presto交互接口,把jar包更名为presto(建议使用link方式) 启动presto服务 bin/launcher start 后台运行,日志信息为node.preperties配置的node.data-dir run为前台运行,使用help查看更多的选项 常用(start/run/stop/restart) 1. 2. 3. 使用jsp -ml 命令查看到,...
Linux上安装R包(离线安装): 下载package.tar.gz文件 在Shell终端(注意不是R)输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意:需要sudo权限才能安装。否则提示: username is not in the sudoers file. This incident will be reported. 查看全部安装的R包: ...
但是在参考我两年前的教程:一口气安装800个R包,批量安装800多个R包的时候,发现下面的这些包其实是在github上面: ConsensusTME DoubletFinder EPIC MCPcounter SCENIC SCEVAN SCopeLoomR VISION copykat cpbnplot depmap ggforestplot immunedeconv jjAnno mMCPcounter presto scMetabolism spatstat.core tgutil xCell yaG...
数据科学家们需要对集群的准入做认真、打开SSH隧道、为Presto输入主机、端口、模型、目录数据来下载一个 csv 文件加载到R里面,这一切只是为了跑一下我们想要的模型。现在,所有的这些工作可以通过两个函数完成管道化操作。随着 Rbnb 将这些过程隐藏在苍穹之下,我们搞了一个像RPresto一样维护良好的包。类似地,从R获取...
remotes::install_github('immunogenomics/presto') install.packages('anndata') install.packages('reticulate') 然后加载这些包: library(Seurat) library(tidyverse) library(CellChat library(monocle) library(magrittr) library(reticulate) 设置python分析环境 ...
Linux上安装R包(离线安装): 下载package.tar.gz文件 在Shell终端(注意不是R)输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意:需要sudo权限才能安装。否则提示: username is not in the sudoers file. This incident will be reported. 查看全部安装的R包: ...
型号 Prestor 5000 Dräger 德尔格 于1889 年在德国吕贝克成立,Dräger 德尔格 生产医疗和安全技术产品,通过这种方式保护、支持和拯救来自世界各地的医院、消防部门、救援服务、政府机构、采矿和工业部门的人员的生命。Dräger 其业务细分两个单元,顺弘达科技公司优价提供下面产品,欢迎咨询:一、Dräger 德尔格 医疗...